军民人等丢下的盔甲、器械，真是堆积得像小山一般，待将进关的军民人等放完之后，熊廷弼又差人一一盘点入库。熊廷弼此举不仅保全了辽东百万难民，又得到了不少盔甲、器械，也增加了山海关的守备力量。
王化贞与辽东各路关员此时也进入山海关中，广宁失陷后，祖大寿为避祸，逃往觉华岛，方震孺向熊廷弼献计道：”我愿意为经略将祖大寿招回来“熊廷弼大喜，召来总兵张国卿，跟他商谋曰：“我听闻建虏为攻击山海关，四面搜索粮草，听闻祖将军在觉华岛上有米、豆二十余万，将士、百姓十余万人，战舰、器仗、马、牛无数，建虏如果能得到岛上的将士、军需，再用他们来攻打榆关山海关的别称，榆关如何能保得往呢”
方震孺、张国卿就此辞别了熊廷弼，出海航行到了觉华岛，他们在觉华岛上找到了祖大寿，祖大寿听完方震孺的讲辞后，面露难色，久久不作声；方震孺、张国卿几次催祖大寿回山海关，他都推说自己还要考虑一番；。
方震孺知道祖大寿尚有疑虑，普通的言辞恐怕很难打动他的心；方震孺心里盘算了一番后，一咬牙下了决心，猛地一下抽出随身携带的宝剑，架在自己的脖子上，慷慨对祖大寿说道：“今天，国家已经到了最危急的关头，将军如果听我的话回到山海关，我保将军富贵荣华、享之不尽；如果将军不愿意回山海关，震孺就用自已颈上的血来溅醒将军。”
祖大寿被方震孺的忠义所感动，泣不成声，方震孺亦痛哭流泣，祖大寿于是和方震孺一起回山海关，获得了无数军民辎重。建虏追逐王化贞等人二百余里，因为熊廷弼“坚壁清野”工作作得彻底，他们得不到被给，不得已只能退回。
听到广宁失败的消息，京城人心惶惶，天启二年二月，王化贞被捕，熊廷弼也被阉党弹劾，免职听侯审判，原来王化贞本是东林党人，东林党人对王化贞相当重视，正在为营求他奔走的时侯，王化贞见朝中阉党当权，立刻改换门庭投靠阉党，阉党于是将祸水引向熊廷弼，反诬陷他是广宁之战失利的责任人。
张鹤鸣怕皇上和朝臣们怪罪他，也在熊廷弼身上倒脏水，不光附和阉党对熊廷弼的攻击，还冤枉熊廷弼贪污受贿：“今天下事岂不皆以贪坏，而辽东尤甚。向来镇、抚、道、将以下，每任满，率人人渔猎官私金钱，多至数万计。”，又说他身边有建虏的奸细佟卜年，更诬蔑他私退建虏。
太仆寺少卿满朝荐仗义直言，为熊廷弼抱曲道：“辽阳之祸，起于袁应泰之纳降，被降夷尽占居民妇女，故辽民发愤，招奴攻城。事发仓卒，未闻有何人献送之说也。广宁之孽，起于王化贞饷金以啖西虏而不给卒伍，偶有声息，驱之城外，捍御谬闻。奴酋过河又不见西虏策应，不觉手脚慌忙，抱头先走，亦事发仓卒，未闻有何人献送之说也。深求奸细，不过为败抚脱卸之地耳。”
阉党却一番操作，硬是把熊廷弼判了死罪。熊廷弼本是个清官，为了保命，他在迫于无奈下，凑了四万两银子给汪文直，没想到这件事被阉党知道了，硬是借着熊廷弼的案件，将杨涟为首的东林六君子全部一网打尽。
极具讽刺意味的是，熊廷弼本来就不被杨涟等东林党人看好，他们更看好王化贞，魏大中更是附和张鹤鸣等人要冶熊廷弼的死罪，结果阉党给他安排的罪名，竟然是收受熊廷弼的贿赂，故意唱反调。
阉党为了把这件案子办成铁案，让天启皇帝尽快处死熊廷弼，又想出一条诡计。阉党的另一个重要成员冯铨出手了。冯铨生于万历二十四年公元一千五百九十六年，他是顺天府涿州今涿州市人。万历四十一年公元一千六百一十三年，冯铨从小就很聪明，他的科举之路也颇为顺畅，十七岁时就考中了进士，后来又以庶吉士的身份，入选翰林院，万历四十四年又被皇帝授以翰林院检讨一职。
冯铨长相俊美，出入时都要照镜子整理仪容，他与父亲冯盛明同朝为官，朝臣们亲切地称其为“小冯”，又因为冯铨年纪轻轻，就中了翰林，又叫他“小冯翰林”。
天启元年，冯铨之父冯盛明在辽东为官，他对建虏异常恐惧，几次三番向朝廷上疏请辞，甚至不等朝廷回复，就擅自脱离前线，返回家乡，沈阳、辽阳失陷后，熊廷弼上疏追究冯盛明擅离职守望之罪。冯铨于是向好友缪昌期求助，缪昌期以其机智、聪慧名列东林党点将录中“智多星吴用”一角，冯铨和缪昌期本是一对好基友，然而，冯铨这一次是找错了人，缪昌期只是把他当成玩物，所以他不仅没有帮助他们父子，还当众把冯铨羞辱了一顿，冯铨发誓要报这个奇耻大辱。
冯铨本是涿州人，当地有个涿郡娘娘庙，据说颇为灵验，皇宫里有很多人专门跑去上香；有一次，魏忠贤也去上香，冯铨跪在涿郡娘娘庙大门口迎侯，还无耻地说自己是魏忠贤原配夫人的亲戚，魏忠贤此时正欲扳倒东林党，两人于是“狼狈为奸”，很快勾搭在一起。
魏忠贤在天启皇帝面前推荐冯铨人才难得，还以甘罗十二岁就拜相的故事，让冯铨入阁。冯铨入阁后，不仅事无巨细的把朝堂上每天发生的事情报与魏忠贤，还极力丛恿魏忠贤对东林党人发难，后来缪昌期果然被牵入辽案中，死在牢里。
冯铨积极参与辽案，不光害死了缪昌期，更连杨涟、左光斗等人也一起陷害。原来吏部原任尚书赵南星本是东林党魁首，名列东林点将录中“天罡星玉麒麟”，赵南星深为魏忠贤、崔呈秀所忌惮，他们在天启皇帝面前屡次诋毁赵南星，终于将他从吏部尚书的位置拉下马来。魏忠贤看中了一个中立派，此人既不是东林党，也不是阉党。这个人就是崔景荣。