海瑞引用宋朝名儒孙奭谏宋真宗的话，和严嵩事事顺着嘉靖皇帝，然而国势日益艰难的事实，来增强自己反对嘉靖皇帝修仙的说服力：“宋真宗获天书于乾佑山，孙奭谏曰：“天何言哉岂有书也”桃必采而后得，药由人工捣以成者也。兹无因而至，桃药是有足而行耶天赐之者，有手执而付之耶陛下玄修多年矣，一无所得。至今日，左右奸人逆陛下玄修妄念，区区桃药之长生，理之所无，而玄修之无益可知矣。
陛下又将谓悬刑赏以督率臣下，分理有人，天下无不可治，而玄修无害矣乎夫人幼而学，既无致君泽民异事之学，壮而行，亦无致君泽民殊用之心。太甲曰：“有言逆于汝志，必求诸道，有言逊于汝志，必求诸非道。”言顺者之未必为道也。即近事观：严嵩有一不顺陛下者乎
昔为贪窃，今为逆本。梁材守道守官，陛下以为逆者也，历任有声，官户部者以有守称之。虽近日严嵩抄没、百官有惕心焉，无用于积贿求迁，稍自洗涤。然严嵩罢相之后，犹严嵩未相之前而已。诸臣宁为严嵩之顺，不为梁材之执。今甚者贪求，未甚者挨日。见称于人者，亦廊庙山林交战热中，鹘突依违，苟举故事。洁己格物，任天下重，使社稷灵长终必赖之者，未见其人焉。得非有所牵制其心，未能纯然精白使然乎”
海瑞此处的仪、衍指的是张仪、公孙衍，两人都是战国时的名臣；而皋陶、伊、傅都是辅佐于尧、舜、禹、汤的名臣：“陛下欲诸臣惟予行而莫违也，而责之以效忠；付之以翼为明听也，又欲其顺乎玄修土木之娱：是股肱耳目不为腹心卫也，而自为视听持行之用。有臣如仪、衍焉，可以成“得志与民由之”之业，无是理也。
陛下诚知玄修无益，臣之改行，民之效尤，天下之安与不安、治与不治由之，翻然悟悔，日视正朝，与宰辅、九卿、侍从、言官讲求天下利害，洗数十年君道之误，置其身于尧、舜、禹、汤、文、武之上，使其臣亦得洗数十年阿君之耻，置其身于皋陶、伊、傅之列，相为后先，明良喜起，都俞吁咈。
内之宦官宫妾，外之光禄寺厨役，锦衣卫恩荫，诸衙门带俸，举凡无事而官者亦多矣。上之内仓内库，下之户、工部，光禄寺诸厂，段绢、粮料、珠定、器用、木材诸物，多而积于无用，用之非所宜用，亦多矣。诸臣必有为陛下言者。诸臣言之，陛下行之，此则在陛下一节省间而已。京师之一金，田野之百金也。一节省而国有余用，民有盖藏，不知其几也。而陛下何不为之”
海瑞在最后指出只要嘉靖皇帝努力振作，就可以实现三代之冶，并提出自己的政冶主张：”官有职掌，先年职守之正、职守之全而未行之。今日职守之废、职守之苟且因循，不认真、不尽法而自以为是。敦本行以端士习，止上纳以清仕途，久任吏将以责成功，练选军士以免召募，驱缁黄游食以归四民，责府、州、县兼举富教使成礼俗，复屯盐本色以裕边储，均田赋丁差以苏困敝，举天下官之侵渔，将之怯懦，吏之为奸，刑之无少姑息焉。必世之仁，博厚高明悠远之业，诸臣必有陛下言者。诸臣言之，陛下行之，此则在陛下一振作间而已。一振作而诸废具举，百弊铲绝，唐、虞三代之治粲然复兴矣，而陛下何不行之
节省之，振作之，又非有所劳于陛下也。九卿总其纲，百职分其任，抚按、科道、纠举肃清之于其间，陛下持大纲、稽治要而责成焉。劳于求贤，逸于任用如天运于上，而四时六气各得其序，恭己无为之道也。天地万物为一体，固有之性也。民物熙洽，熏为太和，而陛下性分中自有真乐矣。可以赞天地之化育，则可与天地参。道与天通，命由我立，而陛下性分中自有真寿矣。此理之所有者，可旋至而立有效者也。若夫服食不终之药，遥望轻举，理之所无者也。理之所无，而切切然散爵禄，竦精神，玄修求之，悬思凿想，系风捕影，终其身如斯而已矣，求之其可得乎
夫君道不正，臣职不明，此天下第一事也。于此不言，更复何言大臣持禄而外为谀，小臣畏罪而面为顺，陛下有不得知而改之行之者，臣每恨焉。是以昧死竭忠，惓惓为陛下言之。一反情易向之间，而天下之治与不治，民物之安与不安决焉，伏惟陛下留神，宗社幸甚，天下幸甚。臣不胜战栗恐惧之至，为此具本亲赍，谨具奏闻。“
虽然海瑞认为自己的言论已经有所克制了，可嘉靖皇帝是什么人，包括严嵩、徐阶在内，所有朝臣在他面前向来都是“恭恭敬敬”的，从来没有人敢这样指责他，于是嘉靖皇帝看完海瑞的上疏，使劲地抛到地上，“暴跳如雷”地咆哮道：“锦衣卫何在，给朕拿下这个藐视君上的海瑞，不能让他跑了”
在一旁服待的太监黄锦见状，连忙在旁边劝说道：“陛下请息怒，普天之下，莫非王土，海瑞跑不了”嘉靖皇帝听到这话，才稍微平静了些。黄锦看了看嘉靖皇帝的脸色，“小心翼翼”地道：“陛下，小的有件话不知当说不说”嘉靖皇帝道：“你讲吧”黄锦道：“小的听说这个海瑞是个有名的痴汉，听说他在上疏的时侯，自知难逃一死，买了一口棺材，跟妻子诀别，遣散家仆，就等着陛下处斩他。”
嘉靖皇帝闻言，先是一惊，后来长时间保持沉默，过了许久，嘉靖皇帝示意让黄锦从地上把奏折捡了起来，黄锦递给他之后，嘉靖皇帝在无事的时侯，就会拿过来看，有时侯一天要看很多次；嘉靖皇帝把冶安疏一直流在宫中，有一次，他观看的时侯感动地道：“这个海瑞是像商朝比干那样的忠贤，朕不是商纣王那样的君主”