为了寻找海盗巨头王直的宝藏，费尔南多将军对神秘的东方文化，产生了浓厚的兴趣，他把马克拘禁在自己的官邸，拿出他搜集的各类中国典籍，让马克给他讲解，希望能对海上寻宝有所帮助。
这些年来，为了追求许灵儿，马克确实下了一番苦功，讲起经史子集、唐诗宋词头头是道，但费尔南多将军对圣人的经典和诗词并不感兴趣，想通过《易经》演习九宫八卦和奇门遁甲。
马克也不懂《易经》，只能望文生义，让费尔南多将军哭笑不得，就在这时，西门阿尔梅达神父找上门来，要把他的徒弟马克给带走。
由于费尔南多将军对这位神父大人颇有成见，西门阿尔梅达一连去了好几次，都吃了闭门羹，心中十分恼火，最后，在佩雷斯大主教和拉维扎列斯总督的干预下，费尔南多将军才不得不交出了马克。
西门阿尔梅达本希望马克帮他运送火绳枪，因此，对于马克从堺町出走而大为光火，他指控马克犯下了五重罪，马尼拉地方法庭接到起诉书，准备开庭审判马克。
法庭设在圣地亚哥城堡，由安东尼奥德摩尔迦（Antonio de Morga）大法官亲自审理，沈琦和费利佩等人通过白海山担任翻译，前来出庭作证。
首先，西门阿尔梅达指控马克背叛耶稣会，应该为林风海盗集团占据玳瑁港、进而祸乱吕宋岛承担责任；其次，马克欺骗了堺町众合会，他负责押运的三千余支火绳枪，本应运往伊势湾，却被他中途倒卖给了明朝军队；另外，他还涉嫌非法倒卖市舶司颁发的商船引票，私自偷走了保存在堺町大教堂的两具棺木，同时，对于修女露易丝之死，他负有不可推卸的责任。
马克在法庭上竭力为自己申辩。对于第一条指控，他辩称：林风率领数千名将士突然攻打马尼拉，内无粮草、外无救兵，帝国守将高梯将军战死，在拉维扎列斯总督困守孤城情况下，如果让海盗继续围城，那么，如今的吕宋将会是林风的天下。他带着林风前往玳瑁港，当时来说是最正确的选择，因此，他不仅无罪，而且有功。
对于非法倒卖市舶司商船引票的指控，通过费利佩出面为其辩护，证明那张商船引票没有问题；同时，朱辉也出庭作证，揭露了堺町商人小西隆佐利用众合会的关系，勾结倭寇头目蜂须贺正胜，企图配合林风夺取吕宋岛的阴谋，露易丝小姐是死在了倭寇的刀下。
朱辉的辩护词，得到了费尔南多将军的佐证，接下来又经过一番唇枪舌战，法官摩尔迦最终认定了马克犯下了两宗罪：判他偿还三千支火绳枪的货款，折合约三百万雷阿尔银币；因私自偷走了保存在堺町大教堂的两具棺木，判他两年的劳役，或者支付一百万雷阿尔银币。
雷阿尔银币分为一、二、四和八等面值，一两明朝的纹银，差不多能换二十枚面值为八的雷阿尔，这意味着马克要支付两万五千两纹银，否则，将面临更加严厉的处罚。
对马克来讲，这可是一笔巨款，当他听到摩尔迦宣判时，他急得放声痛哭，此刻，西门阿尔梅达朝他投来了鄙夷的目光。
这时，沈琦毫不犹豫地站起身来，他愿意替马克支付这笔罚款，于是，便派朱辉等人赶快回去，在费尔南多将军将军的帮助下，把刚刚兑换的纹银，重新换成面值为八的雷阿尔银币，运过来交给法庭，才算把马克保释出来。
对于沈琦等人的义举，费尔南多将军大加赞赏，庭审结束后，他邀请大家前往将军官邸赴宴。
宴席之上，大家彼此客气了一番，对朱辉和张狗儿的功绩，费尔南多将军表达了一番谢意，接着，他热情地给大家敬酒祝福，并问起了即将远航阿卡普尔科的计划。
关于这条航线，沈琦等人都知道，从马尼拉出发，先乘着西南季风到达日本的东部，再借助洋流横渡大洋，顺风而行，也得近八个月之久，如果没有经验，很可能会被大风吹到阿拉斯加；但从阿卡普尔科往西行回来，相对容易一些，一般只需三个月的航程。
随着明朝的海禁越来越严厉，指望从私商的手里收取保护费，已经很难满足费尔南多将军的胃口，正所谓人为财死、鸟为食亡，为了得到这笔足以买下半个欧罗巴的宝藏，费尔南多将军打着费利佩的名义，亲自去求拉维扎列斯总督，要求派舰队护送商团前往新大陆，得到了总督的批准。
如果回月港组织一支武装力量，说起来容易做起来难，弄不好会被朝廷当成海盗给办了，如果费尔南多将军能为商团护航，当然求之不得，不过，大家心里也都清楚，他的目的是为了寻宝。
于是，沈琦等人就不必再返回月港了，他派人回去送信，把已经准备好的生丝和织造器具等运往马尼拉。
一个月后，宋河辞去了福建都指挥使司驻月港总旗官，带领五艘大帆船从月港启航，随同而来的还有陈学文、婉兮、韩小玉、罗阿敏母女、吴襄姐妹、张敏儿以及近千名匠人和工人，经过十天的航行，来到了巴石河口岸码头。
“共济社”商团齐聚马尼拉，重新做了分工：月空长老和玄德真人是商团的精神领袖，沈琦作为大掌柜总理一切事务，费利佩和汤景为副手，任命白海山为护法总澳主，因林风的出走和蔡德之死，九大护法重新排座次：前三位澳主分别是朱辉、宋河和张狗儿，他们负责保护两位师父和三名掌柜的安全；四澳主刘猛、五澳主马献担任船长，管理六艘商船上近千名水手，六澳主净空、七澳主陈学文负责保护众家眷，八澳主马克担任翻译，九澳主吴襄总揽一切文书。
经过总督的批准，费尔南多将军征用了两艘西班牙帝国的军舰，亲自出任舰队司令官，精心挑选了一支火枪队，为远航新大陆做好了一切准备，只待良辰吉日出发，他们将开辟一条海上丝路新航线。
正当大家踌躇满志之际，各种神秘案件却接踵而来……
首先是费尔南多将军家中被盗，那些有关阴阳八卦、奇门遁甲的书籍和笔记，还有那张珍贵的航海图，全都不翼而飞，他怀疑这是西门阿尔梅达对自己的报复，便在拉维扎列斯总督的面前告了一状。
西门阿尔梅达神父的反应异常强烈，立刻写信给大西班牙帝国菲利普二世国王，并撺掇佩雷斯大主教出面去找拉维扎列斯总督，在得到国王的许可之前，费尔南多将军不得擅自离开吕宋岛。
西洋人的这场官司，耽误了商团的行程，也错过了玄德真人算出的黄道吉日，让沈琦和费利佩等人一筹莫展。
这一日，正在大家聚在一起吃饭时，玄德真人因肠胃不舒服而闹肚子，便起身上了趟厕所，不一会儿，机警的韩小玉似乎听到了什么声音，立刻呼唤朱辉去看看，待朱辉跑去一看，玄德真人已经不见了。
当日夜晚，沈琦的家中连续发生了十多起盗窃事件，幸亏被巡逻的净空、陈学文等人及时赶走了，却没能抓到一个窃贼，次日清早才发现，白海山也神秘失踪了。
天刚朦朦亮，住在马尼拉王城的商人齐聚在总督府告状，纷纷表示家中失窃，令人震惊的是，费利佩居然也在家中遭人绑架！
一夜之间，马尼拉王城风声鹤唳、草木皆兵，导致拉维扎列斯总督大为光火，他判断，这是来自明朝的商团成员惹的祸，因此，命令沈琦等人立刻从王城搬出去，并准备撤了费尔南多的将军之职。
但费尔南多将军却认为，这些案子应该是林风海盗集团所为，立刻往群岛各地下达命令令，让全体官兵行动起来，一定要捉拿寇首林风归案。
朱辉等人也认为，林风肯定脱离不了干系，便和张狗儿等人一起外出打探消息，找到了一个曾在玳瑁港经商的华人，得知林风已经出发寻宝去了。
对于林风来说，他要钱有钱、要人有人，组织起来相对很容易，况且他手中握有洪真人提供的航海图，因担心别人捷足先登，早在半个月前，就已经离开了吕宋，那么，这些大案又是何人所为？
马尼拉当局通过调查，确认林风集团已经离开了菲律宾，于是，便将怨气全都撒在了沈琦的头上，拉维扎列斯总督给出了三天的时间，命令他们必须离开吕宋岛。
这简直是要了大家的命，朱辉把各位澳主请来一起商议，务必要抓到真凶，尽快解救被抓的人质。
三天的时间转眼就过去了，朱辉等人仍旧没有一丝线索，第四日凌晨，数千名西洋火枪手和本地人的武装，包围了沈琦的府邸和水手、工匠们居住的寓所，当局要强行把他们赶进大海，并没收他们的财产。
突如其来的灾祸临头，很多人放声痛哭，朱辉等人准备组织力量反抗，这时，月空长老阻止了他们的盲动。
于是，长老把朱辉、沈琦和汤景等人叫进了一间密室，道了一声“南无阿弥陀佛”，沉着地讲道：“万法皆因果相续而不空，循环往复。有因才会有果，果便是下一个因，一切皆是因果，这世上没有偶然和巧合之事。请各位不必紧张，你们仔细想一想，这些案件到底是何人所为？”
三个人大眼瞪小眼，顿时懵了，不知该从何处想起，汤景着急地讲道：“师父，都到这个份上，还谈什么因果关系，现在，西洋鬼子要没收我们的货物，把我们赶入大海！”
月空长老微笑着答道：“没那么简单，案子的幕后主使人，肯定也不想便宜了西洋人，也许他们已经派人到了码头，正在和总督大人谈判，以我们大明官府之名，前来接收沈大官人的财物。朱辉，你立刻到码头去一趟，看看是否有巡抚衙门的官船到了。”
朱辉顿时大吃一惊，急忙问道：“师父，难道说是庞尚鹏在算计我们？”
“南无阿弥陀佛，真是愚钝。”说着，月空长老瞪了他一眼，又把目光转向了沈琦，接着问道：“沈大官人，这世上最恨你的人是谁？”
沈琦丝毫也没犹豫，果断地答道：“刘谦。”
发现朱辉还没走，月空长老急了，命令道：“徒儿，还不速去码头看看，是不是刘谦来了？尽快回来报信。”
等朱辉走了之后，沈琦不解地问道：“师父，刘谦不是被看管在南少林吗？”
“白海山的突然出现，搅动了沉寂多年的江湖，当年的那些海盗还没死绝，老衲判断，肯定有人了解内幕，但真要想出海寻宝，却没那么容易，必须得另辟蹊径。请你们仔细想想，如此知根知底、又怀有深仇大恨之人，只有刘谦和张彪。”
说到这儿，月空长老发现沈琦和汤景全都傻了眼，便微微一笑，接着讲道：“刘谦和张彪不过被人利用而已，到底谁是幕后元凶，还未可知。老衲猜测，策划这件事的一定是个高人，他利用张彪等人在马尼拉制造事端，想把我们置于死地，再让刘谦以巡抚衙门的名义，前来接收我们的财物，这便是因果。即便我们今天赢了他，以后千万也不可大意，他若想去寻宝，我们不必阻拦，只要不再跟我们捣乱，就随他去吧。”