拉维扎列斯总督以消灭林风海盗团伙为诱饵，试图叩开大明帝国海关的大门，尝试了半年毫无结果，但基本上摸清了明朝的态度，明帝国并无海外拓疆的野心，对于盘踞在吕宋的海盗睁只眼、闭只眼，只要他们不再侵扰大陆沿海，也就随他去了。
但盘踞在玳瑁港的林风集团，对马尼拉当局来说，确实是一个极大的威胁，因此，拉维扎列斯总督逐渐失去了耐心。
林风集团在玳瑁港安顿下来之后，精准地把握住了马尼拉当局和朝廷的脉搏，经玳瑁港的华人神父从中调解，赢得了休养生息的机会，在罗阿敏的带领下，逃难的众乡亲励精图治、苦心经营，与当地人和睦相处，仅用了半年多的时间，就把这座荒凉的海湾，变成了一座繁华的港口。
由于隆庆年间明朝放开了海禁，尽管对商船的总体规模加以限制，但商人们可以在国内自由贸易，因此人心思变，没人轻易去当海盗，林风很难在大陆沿海招兵买马，为了和西洋人对抗，他一方面要挟朝廷，想恢复其锦衣卫的身份，以便名正言顺地扩张队伍，试图在赶走西洋人之后，让朝廷封他为吕宋总督，但他自己也十分清楚，这个愿望是很难实现的。
另一方面，林风始终没有放弃联合猴子秀吉，刚刚立足玳瑁港，迫于罗阿敏的压力，决定释放许灵儿、马五夫妇及林邵琦等人，派遣李成怀和蔡德以护送许灵儿为名回国，想借此机会要挟庞尚鹏；与此同时，暗中派心腹之人前往日本，准备出重金收买日本浪人，组建一支庞大的舰队前来支援，再次攻打马尼拉。
在福建漳州月港，林风的阴谋被许灵儿所识破，抓了七澳主李成怀和九澳主蔡德，歼灭了那些倭寇水手，切断了林风与倭寇之间的联系，许灵儿知道，玳瑁港的将士多是因为被倭寇毁掉家园，而被迫落草为寇，马志善、李成怀和蔡德等人也不例外，故此，她对两个被抓的澳主晓以大义，释放他们返回了玳瑁港。
李成怀和蔡德回来后，暗中在玳瑁港展开了一场清洗，以至于大家谈“倭”色变。但林风仍没有放弃收买浪人的打算，当传教士马克再次来到玳瑁港时，他企图收买马克帮他往日本送信，遭到了拒绝，这时，织田信长已经和西门阿尔梅达神父之间，达成了长期购买火绳枪的协议。
由于织田信长付不起现款，这份协议遭到了堺町众合会的排斥，没人愿意接手这宗生意，尽管小西隆佐很主动，但织田信长对他信不过，况且小西隆佐对南洋、琉球等地也不熟，迫于无奈，西门阿尔梅达神父把弟子马克召回了马尼拉，委派他来负责。
马克在第二次往日本贩运火绳枪时，在钓鱼列岛附近，被台湾驻军守将冯安所抓获，他主动投降，没有对外传递任何消息，因此，无论是织田信长、羽柴秀吉、还是堺町众合会及马尼拉当局，都不知道马克失踪的真正原因。
为了调查事件的真相，堺町众合会长老派修女露易丝前往马尼拉，猴子秀吉在众合会的代理人小西隆佐，及时抓住了机会，暗中找到了露易丝，花重金请她帮忙寻找林风。
在郭奕和许灵儿抵达玳瑁港之前不久，露易丝以修女的身份从马尼拉而来，受到了神父的热情接待，她暗中联络到了林风，并被其传奇经历及“雄心壮志”所吸引，二人一见如故，如干柴烈火般的就好上了，于是，林风趁热打铁，表示将来占领吕宋之后，让她成为总督夫人，致使这个天真的露易丝，恨不得为其赴汤蹈火而在所不惜。
但林风万没有想到，通过露易丝传递的这封书信，会落在佩雷斯大主教之手。
得知林风企图引日本浪人前来攻打马尼拉，马尼拉当局的容忍终于到了极限，恰巧这时平息了民都洛岛的暴动，又获悉明朝派使者去了玳瑁港，尽管拉维扎列斯总督对明朝使者不摸底，但坚信他们不可能帮助海盗，正好可以借剪除林风之机，给明朝一个下马威，因此，让腾出手来的撒施洛将军，立刻集结群岛各地的武装力量，要一举剿灭玳瑁港。
一场激烈的海上遭遇战，让西洋人领教了明军海上巨无霸的厉害，马尼拉当局的海上行动失败后，马上组织一支近两千人的陆军，沿着仁牙因河攻打玳瑁港，遭到李成怀所部及二百名明军精锐的伏击，最不可思议的是，殖民军打下玳瑁港之后，居然还是中了林风之计，导致西班牙军人全军覆没，撒施洛将军到死也没想明白，明朝使者的超级战舰为何会支持林风？
撒施洛将军死后，拉维扎列斯总督开始慌了，正在宿务岛围剿尼德兰海上乞丐游击队的费尔南多将军，被紧急召回马尼拉。
此时，马尼拉近乎是一座空城，林风当然不会放弃这个机会，当他对玳瑁港的神父一番忏悔之后，表示要遣散自己的队伍，暗中却把这五百名士兵，分成了五十个小分队，通过李瑞奇饲养的信鸽来联络，化整为零、分头开赴马尼拉。
西班牙人占据了马尼拉之后，在苏莱曼原来城堡的基础上，扩建了高墙城池，被称为“王城”，根据西班牙的法律规定，唯有合法的”白种人”（西班牙语：blancos)，才能在王城区内居住。
“白种人”包括西班牙裔菲律宾人（在菲律宾出生的西班牙人），半岛西班牙人（在西班牙出生的西班牙人），西班牙-马来裔-汉人混血儿（西班牙语：tornatrás）和西班牙-马来裔混血儿（西班牙语：mestizos）。
法律之外，还有约定成俗的种族歧视：男“白种人”可以和非白种女人结婚；对于女“白种人”，决不允许嫁给非白种人，但凡和男西班牙人结婚的非白种女人，她们就自动合法地被归为“白种人”，自然，她们也可以和丈夫居住在王城区内。
但无论是什么人，也离不开务农、打渔、搬运、缝纫、餐饮、工匠等生计，从事这些生计的大多数是华人，因此，马尼拉城离开了华人，基本上就无法运行，当然，殖民者也无法过上舒适的生活。
因此，殖民当局迫于无奈，允许华人因工作的原因进入王城区，但必须得在日落时分，回到他们在王城区外的宾诺多（Binodo）社区的居所。
这就给了林风等人可乘之机，短短几天的时间，就有近百人混进了王城，正当他们准备里应外合暴动之际，费尔南多将军已经把宿务岛的军队，全部调回了马尼拉，为了防止不测之祸，采取了一刀切的措施，把务工的华人、华侨全部清理出宾诺多。
林风的小分队当然都在被清理之列，在没有充分把握的情况下，这支近百人的武装仓促起义，虽然赢得了不少当地土著人的支持，最终以失败而告终，全部遭到了屠杀。
这次暴动再次激怒了马尼拉当局，于是，拉维扎列斯总督下达命令，在所有的村庄、街市、客栈、酒坊、港口码头等地，到处抓捕华人、华侨，连过往的商船也不放过。
当时，马尼拉当局使用一种叫做雷阿尔的银币，而明朝则使用银锭，银币无法流通，因此，无论是商人、还是海盗，前往明朝做买卖都得进行兑换，但官方的兑换价格极不合理，基本上全是私下交易，暗中从事这项兑换业务的，正是费尔南多将军及手下的将士，因此，拉维扎列斯总督灭绝华人、华侨的命令，在执行当中打了很大的折扣。
这又给了林风集团可乘之机，以兑换银元为诱饵，精心设计作战方案，杀掉不少贪财的西班牙士兵，连续打了十几个漂亮的大胜仗，让马尼拉当局极为震惊。
费尔南多将军手下的士兵本来就不多，对于本地土著武装的力量又信不过，迫不得已，他只好放下身段，主动与尼德兰“海上乞丐游击队”媾和，企图利用这支武装力量来对付林风。
（尼德兰，荷兰语“低地”的意思，包括现在的荷兰、比利时等国。）
关于尼德兰“海上乞丐游击队”的来历，需要做个简单介绍，十年前（公元1566年）的欧洲，在信奉新教的尼德兰地区，爆发了一场反对天主教会的“圣像破坏运动”，遭到了信仰天主教的西班牙帝国无情镇压，菲利普二世委派阿尔发为尼德兰总督，强行推广新税制，拼命地搜刮勒索，并颁布一系列诏令，对于传播新教、或者接触新教书籍者，男的杀头，女的活埋，甚至将其绑在十字架上活活烧死。
无论尼德兰人的贵族，还是普通市民及广大的劳苦大众，终于忍无可忍，纷纷组织起来砸教堂、冲监狱，掀起了一场声势浩大的起义。
当西班牙贵族辱骂起义者为“乞丐”时，起义者则喊出了“乞丐万岁”的口号，并对统治者表示无尽的嘲讽，在南方密林中建立了一支“森林乞丐游击队”，与此同时，在北方沿海地区“海上乞丐游击队”也成立了，他们奋起反抗西班牙人的残暴统治。
其中一支由水手、渔夫和码头工人组成的“海上乞丐”，在首领亨得利的带领下，驾着轻便的小船，竟然在大西洋拦截了一支西班牙运输船队，取得了一次辉煌的胜利，有了钱财和舰队之后，亨得利充满了野心，开始在欧洲招兵买马扩充队伍，最后漂洋过海来到了菲律宾群岛，盘踞在宿务岛附近的孤岛之上，继续和西班牙帝国殖民者为敌。
这支海上游击队极为强悍，控住了从宿务岛至棉兰老岛的三宝颜一线，在这片海域，不断地袭击西班牙人的商船，令拉维扎列斯总督非常头疼。
对于费尔南多将军的建议，拉维扎列斯总督欣然接纳，倘若能让两大海盗集团相互火并，马尼拉当局将坐享渔翁之利。
于是，费尔南多将军不顾生命危险，亲自找亨得利谈判，对于亨得利提出的任何条件，连一点折扣也不打，很快就达成了协定：只要尼德兰人协助当局消灭林风海盗集团，西班牙国王菲利普二世将加封亨得利为勋爵，将来允许他们在菲律宾群岛任何地方定居。
就这样，海盗头目亨得利被招安，尼德兰人来到吕宋岛参与镇压林风集团，他们采取比西班牙殖民者更加恐怖的手段，除了针对对华人、华侨之外，扩展到了安南人、琉球人、日本人和朝鲜人，甚至连马来人、印度人也都在抓捕之列，白色恐怖笼罩了整个吕宋岛。
在这种形势下，林风集团放弃了武装袭击马尼拉的计划，化整为零分布到了吕宋各地，和白种人武装势力玩起了游击战，在此过程中，逐渐壮大了队伍，特别对尼德兰海盗，给予了沉重的打击，因此，亨得利和林风算是结下了深仇大恨，有关他们之间的故事，将在第五卷《海盗传奇》中继续演绎，敬请大家的关注。
殖民当局明白，不可能把华人、华侨全部赶出吕宋岛，更不可能把他们全部杀绝，当尼德兰海盗势力被极大削弱之后，费尔南多将军发现，林风集团的活动渐渐变得消停了，于是，他调转枪口对准了尼德兰海盗……
亨得利发现自己上了当，带领他的“海上乞丐游击队”，再次逃亡到了南部群岛，继续与西班牙帝国为敌，自此以后，他和费尔南多将军结下了私仇，有关他们二人的结局，将会在本书的第五卷《海盗传奇》中祥加描述。
林风集团为了保存实力，把小分队全部潜伏在最偏僻的村庄，彼此之间用信鸽联络。
这些村庄的神父，一般都是由会读书识字的华侨担任，他们对那些被镇压的同胞，当然持同情的态度。
小分队成员从事渔猎耕织、手工作坊，与当地人相处得十分融洽，由于殖民军人数有限，很难深入到这些偏僻的乡村做调查，但经常派人到各地区搜捕、威胁和恐吓，在当地土著人和华侨神父的掩护下，他们总能化险为夷。
局势暂时稳定了下来，化妆之后的林风，经常出现在巴石河口岸码头，试图联络来自日本的商船，但是，当局对商船的盘查仍没结束，继续扣押来自明朝、琉球等地的商船，一者为了断绝林风的贸易渠道，二者为了对明朝施加压力，企图换取大陆沿海开放口岸，允许西班牙大帆船自由贸易。
佛郎机人占据了广东澳门，广州几乎成了佛郎机人的天下，让西班牙人羡慕不已，因此，马尼拉当局把目光盯向了福建漳州月港，经常派出使者到福州去找庞尚鹏谈判，庞尚鹏则以福州市舶司没有多余的商船引票为由，婉言拒绝了拉维扎列斯总督的使者。
与此同时，远在日本的织田信长，其官位由四品权大纳言，升任为从二品的右近卫大将，他把家督之位，名义上交给了嫡长子织田信忠，计划在琵琶湖畔亲自修筑安土城，作为他实现“天下布武”之路的开始。
由于西门阿尔梅达不能继续交付新式火绳枪，织田信长为此大为恼火，派人到堺町对众合会发出威胁。
堺町众合会不敢得罪织田信长，由于传教士马克和修女露易丝相继“失踪”，西门阿尔梅达决定到马尼拉去一趟，猴子秀吉再次抓住机会，密令小西隆佐暗中陪同，以便将来把控这个火枪购置渠道。
功夫不负有心人，终于在巴石河口岸见到了日本商船，林风很快就和小西隆佐接上了头，二人经过一番密谋，充分利用了西洋人对基督徒的信任，制定了一套“天衣无缝”的行动方案，关于这套方案的细节，将在本书第四卷《海上丝路》中祥加描述，为此，把远在北大年的林道乾，介绍给了小西隆佐。
一些安排就绪，小西隆佐率商船去了北大年，林风集团又开始活跃了起来，只等着再次激怒马尼拉当局，以便实施他与小西隆佐制定的行动方案。
智者千虑、必有一失，让林风没能预料的是，那艘大福船不可能再回到吕宋，因为它根本就没去北大年，而是返回了台湾……
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题外话
关于当时殖民地的划分：哥伦布发现美洲之后，鉴于横跨大西洋发现了新土地，1493年教皇宣布西班牙享有西经46度以西的每一块新发现土地，而葡萄牙则享有该线以东的土地。其他所有欧洲国家对新发现地区不享有管辖权或贸易权。1494年，西葡两国重新修订《托德西利亚斯条约》（TreatyofTordesillas），将分界线再向西移270里格（1里格约合556公里），巴西即根据这个条约被划入葡萄牙的势力范围。在“教皇子午线”确定后，葡萄牙和西班牙在周游全球的大事业中选择了相反的方向，葡萄牙通过印度洋，西班牙则通过太平洋。他们都知道中国就在地球的另一边，并自以为谁捷足先登，谁就能发达致富。