天启四年，宁远城修复，关宁锦防线修筑完毕，山海关、宁远、锦州、广宁已然连成一片，辽西走廊再无后顾之忧。
孙承宗上书天启请增发军饷二十四万两，以收编屯卫，固守关宁锦防线，这样就可以抽调十万大军发动进攻，收复整个辽东了。
但是，这个时候朝中党争日趋激烈，因孙承宗是东林党大佬，阉党把持的兵部和工部不顾国家利益，对其收复辽东的计划横加阻挠，魏忠贤更是向天启进谗言，不能他给钱，这家伙想私吞
孙承宗上书多次，催促无果，只能继续固守关宁锦防线。
而这个时候，魏忠贤却不断欺瞒崇祯，大肆清洗东林党人和朝中正直之士，内阁首辅叶向高、韩爌、朱国祯先后被罢免；崔呈秀、吴淳夫、徐大化等一大批被罢免的贪官污吏不断被提拔，窃居高位；杨涟、赵南星、高攀龙等东林党人全部被驱逐出京，朝中正直之士大多致仕以躲避阉党之祸，朝堂形势日趋糜烂。
孙承宗意欲回京劝说天启亲政，不要被阉党所蛊惑，但又怕魏忠贤耍流氓，动用东厂和锦衣卫把他扣留，于是，他便以巡视蓟州镇之名，带着数千亲卫，直奔京城。
魏忠贤闻讯，连忙让自己的族侄，内阁首辅魏广微跑去天启面前进谗言，说孙承宗想以清君侧之名诛杀他，又亲自跑到天启面前哭诉。
天启信以为真，连忙派快马阻止孙承宗回京，孙承宗刚抵达通州便收到了天启的旨意，只得无奈退回辽东。
魏忠贤这次着实被孙承宗给吓坏了，因为孙承宗是帝师，他原本不想跟孙承宗起冲突，但是，这次他却不得不出手收拾孙承宗了。
于是乎，朝中阉党官员不断上奏弹劾孙承宗盲目扩军只为冒领军饷，孙承宗无奈，只得罢免总兵尤世禄和李秉诚等将领，并裁撤军队一万七千余人。
但是，魏忠贤目的并不是让孙承宗裁军，而是想将孙承宗拉下马，就算孙承宗裁军缩减军饷，他还是不断的命自己的党羽找机会弹劾孙承宗。
天启五年九月，山海关总兵马世龙误信降将刘伯漒，派人袭取耀州，结果中了建奴的奸计，损失四百余人，魏忠贤党羽趁此机会，大肆弹劾马世龙和孙承宗，孙承宗被迫辞呈，魏忠贤派出党羽高第接任蓟辽督师。
高第上任后立刻下令，命关宁锦防线所有军民全部撤回山海关内，将辽东刚刚收复的四百余里河山拱手让给建奴
这几年，因为孙承宗修筑的关宁锦防线太过牢固，让建奴无从下手，努尔哈赤不得不转战蒙元草原，征服蒙元诸部，在此过程中，他将投降的辽东平民和蒙元部族编成了蒙八旗和汉八旗，并从中征召了将近十万协从军，他得知孙承宗辞职后再无顾忌，立刻率军大举进攻关宁锦防线。
这高第和努尔哈赤一个下令撤退，一个大举进攻，就如同打配合一般，誓要让辽西走廊的大好河山再次易主。
但是，这个时候，袁崇焕和一众辽东军将领不答应了，辽东军付出无数鲜血和汗水收复的河山为什么要拱手让给建奴
他们拒绝执行高第的命令，就算是死，也不后退
天启六年正月，努尔哈赤后金军抵达宁远，蓟辽督师高第和总兵杨麟拥重兵于山海关，压根就不去救援宁远。
此时，宁远城中守军仅有万余，袁崇焕随即写下血书，召集满桂、左辅、朱梅、祖大寿、何可纲等将领盟誓，以死守城，绝不将大好河山拱手让给建奴
袁崇焕一面坚壁清野，一面让同知程维楧盘查奸细，通判金启倧守护粮草，并传檄给前屯守将赵率教、山海守将杨麒，如果宁远城守军有人逃到他们那里，可全部斩杀
努尔哈赤劝降无果后立刻率军大举进攻宁远城，并让士兵举着盾牌攻凿城墙，而袁崇焕让罗立等人指挥西洋巨炮，炮轰后金军，后金军在巨炮的攻击下溃不成军，连续攻城两天，损失惨重，努尔哈赤不得不下令退兵。
传闻，在此战中，努尔哈赤因坐骑中炮，跌落马下，留下了暗疾，回去之后，不到几个月时间便不治身亡了。
袁崇焕率不到两万守军创造了一个奇迹，他们竟然将六万后金精锐和十余万蒙汉协从军组成的联军给击退了，还歼敌数千人，这是大明与建奴开战以来首次取得如此惊人的大胜，消息传回京城，满朝上下无不欢欣鼓舞，建奴几乎不败的神话终于打破了，他们仿佛看到了收复辽东的希望。
魏忠贤这会儿想的却不是怎么收复辽东，而是怎么把自己的亲族提拔起来，光宗耀祖
宁远大捷，来的正是时候，他将所有亲族全部写进了辽东军将领名单，就连只有一两岁，还在喝奶的婴儿都被他写成了领兵将领
这一战，魏忠贤并没有出力，他甚至让高第下令辽东所有军民撤回关内，省得麻烦，袁崇焕抗命不尊，不肯率军民撤回关内，正是违抗了他的命令，但是，袁崇焕取得大捷之后，所有功劳却成了他提拔亲族的工具
他的亲族几乎全部因宁远大捷的军功加封正一品的五军都督府都督，他的族侄魏良卿进封肃宁侯，他的族侄魏良栋进封东安侯，他的族孙魏鹏翼等全部因军功进封伯爵
而真正率军取得大胜的袁崇焕却只是进了一个小品阶，他原本就是从五品的宁前兵备佥事，立此大功却只是加了个五品的都察院右佥都御史
如此滥用国器，抢夺军功，大封亲族，直接令辽东将士心寒不已，袁崇焕更是气得差点没喷出血来
天启七年五月，皇太极率十余万大军再次来袭，他率兵直抵锦州，将其包围。
锦州守将赵率教与纪用一方面闭城坚守，一方面派人向宁远求援，袁崇焕手中本来就没有多少兵力他还是让让尤世禄和祖大寿率领精锐骑兵四千绕到建奴大军后面骚扰，又派出水军从东面进行牵制，并请求蓟镇等地发兵东护山海关。
皇太极久攻锦州不下，又分兵来攻宁远，袁崇焕与刘应坤、毕自肃率将士登上城楼防守，在濠沟内排列阵营，用炮远距离轰击。而满桂、尤世禄、祖大寿也率军在城外与建奴激战，双方死亡都相当惨重，连大将满桂都中箭负伤，袁崇焕更是浑身浴血，死战不退。
皇太极见宁远不可下，只得从宁远撤兵去加强锦州的攻势，但是，仍旧无法攻克锦州，他率军进攻了将近一个月，不但一座城池都没拿下来，还伤亡惨重，无奈之下，他只有率军撤退，袁崇焕再次率军击败建奴，取得大捷。
宁锦大捷后，魏忠贤再次抢夺军功，他自己连辽东都没去过，却因军功进封一等公爵，他的侄子魏良卿连辽东在哪里都不知道，也因军功进封太师、肃宁公，他的侄孙魏鹏翼还是个婴儿，也因军功进封太子太保、安平侯，而袁崇焕却因不听他的命令，被他指使党羽弹劾
这次，真把袁崇焕给气坏了，他直接提出辞呈，不干了。
魏忠贤把人军功都夺完了，自己的亲族也全部封侯进爵了，这袁崇焕好像也没什么用处了，所以，他毫不犹豫的批了，直接让袁崇焕滚蛋
就这样，接连取得两次大捷的袁崇焕什么好处没捞到，还被人弹劾的怨气冲天，愤而辞职，回家种地去了