完全摆平各方的反对的声音，五行营各种军制改革才正式全面拉开。这时，新兵招进营已经有一月有余，实际训练中，已经完全按照新军制进行的。
原来的十六名小旗，正好对应新编制的十六个连，基本都被授予中尉军衔。一些有潜力，表现好的士兵则被挑选出来，担任副连长、排长、和副排长，授予少尉军衔。
其他的老兵则被授予上等兵、下士等军衔。原则上，上参加过肉搏战的士兵都被授予了下士军衔，而没有直接参加战斗的老兵，被授予上等兵军衔。
这些老兵一部分被分散到队伍中担任班长、副班长职位。另外一部分则被抽去组成侦查排、侦查班。
而新招进来的新兵，一律都是列兵，如果没有战事，他们需要等到一年之后才上等兵，到时军饷也会多上一钱银子。
五行营的主官当然是董宣武，军衔定为少校。
军法处的主官自然还是熊廷弼，军衔准将。
监察及后勤总处的主官是马忠，军衔少校。
五行营的五个标，分别被命名为青龙标、白虎标、朱雀标、玄武标和腾蛇标。
其中青龙标主官是燕无为，军衔上尉。
白虎标主官是熊兆琏，军衔上尉。
朱雀标主官是周通，军衔上尉；副标长是刁德嗣，军衔上尉。刁德嗣同时还是五行营的参谋长，朱雀标实际是由他来掌管，因为更多时候，周通要负责董宣武的安全。
玄武标主官暂由熊廷弼代管。
腾蛇标主官暂由董宣武代管。
规定虽然这样规定，但实际训练中，所有训练事宜仍旧以燕无为、熊兆琏为主官。
功勋制度也迅速落实，经过商讨，目前设立的分为四等，分别是集体一等功，集体二等功，集体三等功和集体四等功。要获得集体功勋的门槛不低，即便是上次反夜袭作战，也只有最先参加作战，及时赶到围墙缺口，并有效阻止了进攻贼匪势头的原第二、第三、第六、第七小旗，现青龙标二连、三连，朱雀标六连、七连获得了集体四等功，各得到一面锦旗。
同时原第二、第三、第六、第七小旗的士兵各得到一枚钢质英勇勋章，以表彰他们在这次战斗中镇定英勇的表现。这让这些老兵在其他老兵面前扬眉吐气了一把。走路都把胸脯挺得高高的，眼睛几乎长到脑门顶上了。
没有得到英勇勋章的老兵，一个个摩拳擦掌、忿忿不平：这算什么真本事、真好汉？只是他们运气好，贼匪主要攻击点在他们那里。下次，下次逮住机会，杀几个真鞑子让他们瞧瞧。钢质英勇勋章算什么？要拿就拿铜质无畏勋章、银质长城勋章、金质宝鼎勋章。
钢质英勇勋章、铜质无畏勋章、银质长城勋章、金质宝鼎勋章，分别代表着由低到高四个不同等级。其中金质宝鼎勋章是授予个人的最高荣誉，授予标准极高，能获得者，将会成为军中的传奇。
无论是英勇勋章、无畏勋章，还是长城勋章、宝鼎勋章，都代表着军人至高无上的荣耀，是五行营所有将士最想得到的东西。因为凭着这枚勋章，就可以拍着胸脯说：“我为大明，曾经浴血奋战过，我才是真英雄，好男儿！我无愧于祖宗和胯下的那根把！”（董宣武原话）
此外，所有在此战中受伤的战士，都获得了一枚碧血勋章。不过这枚碧血勋章却成为那三名在战斗中因为失误滑到而受伤的老兵心中永远的痛，因为不少老兵经常拿他们开玩笑：“摔一跤也能拿枚勋章，下次战斗，我要争取多摔上几跤！”
虽然是善意的玩笑，但这样的话谁听了都不会乐意，三名老兵，暗自下定决心，下次战斗，他们要用实际行动，证明他们有资格拥有这枚碧血勋章。
至于两名牺牲的战士，也他的家人也被邀请来军营，代为接受被授予的英灵勋章。他们的遗体被五星红旗所覆盖，火化后的骨灰被请入英烈祠，永受后世香火。他们的名字和事迹也被载入《华夏英烈》一书中。
总而言之军制改革以后，五行营中的上下级关系被理清了，效率高了许多，士兵们练兵热情空前高涨。
一个多月下来，天启一式步枪生产了七十来支，比预计的略多，五行营的各侦查排、侦查班已经开始训练射击。
董宣武训练射击，跟神机营的训练放式不太一样，他并不急于实弹射击，他要求士兵们在身披胸甲的情况下做到在枪管下吊上两块砖头，枪管上立起一支粉笔，十五分钟内粉笔不许倒下。
这被董宣武称之为稳定性练习，射击的基础。
而且，为了模拟真实的做战环境，时不时还让士兵们身边扔炮仗，惊吓他们。凡是没有达标的，立刻会挨上一两军棍，被罚围着校场跑两圈，回来继续练。
现在的校场，董宣武是按照后世标准操场建造的。两圈跑下来，就是八百米。一天下来，几乎每个人都要跑上十多公里，双臂酸疼，甚至都麻木了。
“不要以为我在为难你们。”董宣武扫视着众人，大声说道，“在战场上，一百米的距离，除非占据极为有利的地形，敌人最多用不了半分钟就能冲到跟前。
而且战场上的环境，绝不是扔几个炮仗这么简单，不可能让你们这般排好队，从容的开枪，你身边的战友会不断中箭倒下。
也就是说，你们可能只有开一枪的机会，如果这一枪不能击中敌人，打乱敌军的进攻节奏，给你们自己赢得更多的时间，那么，你们要面对的将是肉搏战。
肉搏战，不是每次都像上次战斗那么轻松。进入肉搏战，步枪远程攻击的优势就会完全丧失，说实话，这步枪甚至还比不上长枪好使，伤亡在所难免。所以，最好的办法，就是把敌人消灭在进攻途中，打掉他们的士气，尽可能多的消灭敌人。
如果你们连几个炮仗都受不了，还怎么能指望你们上阵杀敌，被敌人杀还差不多。
专注，一定要专注，手要稳，心要静，只有心无旁骛，才能打得准。
还是那句话，平时多流汗，战时才会少流血。
我只能给你们争取到最好的条件，但要想从战场上活着回来，平时就得一不怕苦，二不怕累，狠狠地练。”