董宣武没想到他就任大明天下兵马大元帅的首战，竟然这般顺利，根本没有要他动手，在大明大军还没抵达前，吴襄就已经说服了祖大寿、祖大弼兄弟，联络营中的关宁军众将，忽然起兵，一举拿下了以袁崇焕为首的一干叛逆，掌握了关宁军大营。
明军抵达后，发现关宁军的大营中已经重新挂起了大明的日月旗，关宁军众将打着大明的旗帜，在吴襄、祖大寿的率领下，在营外跪迎官军。袁崇焕和他的一干心腹将领、官员被打入囚车排放在路边。
证实关宁军体将士的确已经起义，弃暗投明，重归大明麾下，董宣武大喜，亲自来见祖大寿等关宁军众将。
安抚好祖大寿等人，董宣武来到袁崇焕的囚车前，董宣武托起袁崇焕的下巴，只见袁崇焕披头散发，眼中布满血丝，脸色更是憔悴不堪，一边脸高高地肿起，显然是挨过揍。董宣武哈哈笑道“袁大人，数年不见，别来无恙乎
当年平辽坡上，你暗算、追杀董某和一干将士之时，可曾料到有今日
当初你不顾辽东大局，收受范文程贿赂，与女真人议和之时，可曾料到有今日
当初你设下阴谋诡计，杀害毛帅，赵率教、尤世禄等将军，向皇太极投降献媚，引清兵入关，屠戮、劫掠我大明百姓，围攻大明京师时可曾料到有今日
人在做，天在看，善恶到头终有报，天道好轮回。不信抬头看，苍天饶过谁天有眼啊”
袁崇焕避开董宣武的目光，垂下头去，一语不发。
“太保大人，跟这种人有什么好说的，这种人就活该千刀万剐”一边的祖大寿讨好道。
袁崇焕转头怒目望向祖大寿，厉声骂道“祖大寿，你这人面兽心的贼骨头，谁都可以说我袁崇焕，唯独你不能说我
我袁崇焕落到今日境地是因为谁还不是因为你可恨我袁崇焕居然瞎了眼，居然还将你当成忠臣良将，如此信任你。
当初广宁兵败，你为了贪生怕死，不肯与皇太极、张宝死战，亲手斩杀了一心死战的何可纲，只想向鞑子投降，这才导致锦宁兵力短缺，无法与清兵抗衡。
我袁崇焕投降大清，的确是听了范文程的话，但那时，你何尝不是百般劝说袁某降清，你这见利忘义的反复小人，有什么资格来说我袁崇焕
今夕吾躯归故土它朝君体也相同祖大寿，我会在黄泉之下看你祖大寿会落个什么下场”
祖大寿被袁崇焕这番话噎得满脸通红，说不出话来，拔出钢刀，怒喝一声“老子现在就先杀了你这个妄言欺君，却无半点真材实料的叛逆”
董宣武拦住祖大寿，劝道“祖将军，何必跟这种人计较董某保证，祖将军过去的事就过去了，朝廷不会再追究。袁贼注定是要押往菜市口的，受众人唾骂、千刀万剐的，祖将军若是一刀杀了他，岂不是便宜了他”
祖大寿见董宣武如此说，急忙收了钢刀，拜倒在地“末将见到袁贼这厮，便想起他往日在关宁倒行逆施、只手遮天的所做所为，怒不可遏，一时鲁莽、冲动，还请太保大人见谅”
董宣武安慰了祖大寿几句，招呼人将袁崇焕等一干要犯押解下去，即日送往京城，并交代一定要保证他们的安，不能出什么意外。他要让天下百姓看看这个卖国求荣的贼子最后的下场，以警戒后来者
祖大寿等一干将领也随之一起进京面圣，接受天子的赦免。在此之前，董宣武早已经说服崇祯皇帝赦免这些将领，以安重心。
虽然董宣武心里面讨厌透了祖大寿这些关宁将领，但是他们的投诚毕竟减少了一场杀戮，也避免了朝廷官兵的伤亡损失。而且，此举也有助于日后劝降清军中的汉军。在皇太极的部队中，汉军的数量可不少，占大多数。
天启七年十二月，经都察院、刑部、大理寺三司会审，厘清袁崇焕等人的罪行，经过公审，袁崇焕叛国罪、欺君罪、擅杀功臣罪、勾结叛逆罪等十八项罪名成立，被判斩首之刑，株连九族，查抄所有家财。
大明崇祯皇帝仁慈，听从了董宣武的建议，赦免了袁崇焕九族诛杀之刑，改轻判为发配琼州海南岛，遇赦不赦，但对袁崇焕本人，崇祯皇帝恨之入骨，非但没有减刑，反而御笔钦定，改斩首之刑为凌迟处死。
崇祯元年秋，袁崇焕等一干人犯在菜市口被正法，其时万人空巷，轰动一时，京城百姓纷纷赶来观看，袁崇焕三天被凌迟了三千多刀，不少百姓出重金，求购袁崇焕被剐下来的肉丝，只为生啖之以泄心头之恨。
祖大寿弃暗投明后，崇祯皇帝下旨赦免其之前的一切罪行，不再追究，但因为他有起义、抓捕袁崇焕等大功，经朝廷议功后，仍任命他为总兵，调往应天府养起来，不再委以重任，虽郁郁不得志，但终得善终，老死江宁。
关宁军的其他将领，除了几个不开眼的，横行惯了，到了应天府后依然横行霸道，贪赃枉法，被董宣武找到机会，趁机严惩，诛杀之，其他将领结果大多跟祖大寿差不多，后半生活得小心翼翼，不敢有半点过错，让董宣武叹息找不到机会，不能还苍生一个公道。
七万关宁军仍留在原地，接受董宣武的改编。
董宣武以自愿为原则，择素无大恶者进行收编，收其健壮者两万多人编入五行卫，接受五行卫的正规训练。
另有四万多人编入其他兵马只中，剩下的近万人，或者因为不愿继续当兵，或者身体条件，或者因为行为不检，或者因为其他原因，在收了遣散银子后，被被董宣武尽数遣散。
在密云耽搁了三天，安顿好投诚的关宁军一干事务，董宣武留下关宁军和一部兵马驻守密云，作为后卫，率领其他兵马拔营，继续向山海关杀去。
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