在进行力量整编的同时，针对已知和暴露出来的叛军的反攻扫荡的准备也在紧锣密鼓的进行中了。张小磊没有打算发布什么公告或者檄文一类的东西。直到登岛作战的第三天甚至第五天的时候，大江南北的各路对手仍然不知道张小磊是否还在统帅着大军，崇岛上的力量是否陷于分裂之中。直到第十天之后不少残兵败将提前逃回、并且还有不少新的消息传说整个中央总督区内的兵力都在集结和扩军备战，但却没有向崇明岛上增援的时候，很多诸侯才问到了一种不好的气氛，虽然没有明确的证据证明岛上登陆大军究竟是全军覆没而没有给崇明岛上的核心力量带来多少损害，或者实际的情况如何，但随着时间的推移，似乎一切都在向着不好的方向发展。
但也就在岛上大战结束后的第十天，迅猛反攻终于展开了。利用相比几年前充足的多的船只让整个新军和近卫军主力有了更多选择。
六百多个未叛乱的区府兵力扩充扩充到总计九十万左右的兵力依托大运河与水路运输沿着运河沿线展开北伐、西征吸引各路目标注意力的同时。由一万五千近卫军和四万五千新军主力构成的六万人左右的海路机动集团在张小磊的率领下在八天之后就在辽东一带登陆，稍稍进行了一些休整之后就利用征集起来的充足马匹在整个塞外展开了最快速度的行军。
经过几年的训练了，新军和近卫军官兵的骑术虽然在那些在马背上长大的民族骑手或者专职的骑兵们看爱似乎依然是十分不成熟的，可却已经能够做到在大规模行军的时候起码不出太多的幺蛾子了。同时不惜成本的野战军粮口粮乃至净水所需的蒸馏锅、丝纱过滤装置也最大限度的满足了荒芜偏僻地方的饮水需求。
塞外骑马行军第一次让岛上的官兵们体验到了另外一种不同于过去的艰辛，也为之后长达两年时间的远征提供了基本的锻炼。
就在骑兵集团展开塞外行军，沿着两千公里以上的征途展开连月前进的时候，沿着运河北伐的九十万大军分为多个战略集团也重重包围了叛军据点云集的秦岭、商洛山、两淮山区、山西山区、太行山区等众多据点。而来不及从江北岸撤退的大军则在刚刚出兵之后就被动员的各路军队消灭了。
虽然现在关于崇明岛似乎依旧没有切实的消息，可是凡是稍稍聪明一些的人都看的出来，岛上的中央力量怎么也不像是陷入了分裂的样子。如果是那样，整个中央总督区内的力量也就不会如此团结一致而且反应迅速了。
同登陆上岛韧性颇强的百万大军不同，一路上遇到的力量似乎在中央总督区各区按照原有的治安兵力一扩散动员出来的军队面前也似乎不堪一击。
不过在当各路大军展开针对叛军早就有所准备盘踞的各地山区展开大规模清剿的时候，伤亡损失乃至各种挫折却陡然增多起来。如果不是其他各府也动员大军远远不断的增援，在残敌的反扑面前面临大规模的失利似乎都不是未必不可能的事。
同时，近卫军和岛上新军主力似乎也一时没有了踪迹的现象，也给留守各地各府的叛军恢复了一些信心。
然而这样的僵局并没有再持续一个月左右的时间，近卫军与新军主力部队为核心的力量突然闪电一般的首先出现在西北，并兵分两路一路展开对吕梁山、太行山地区的助剿。一路加入秦岭的清剿行动。同时在甘肃一带也留守了不少的兵力防止境内残敌西逃。
为了防止叛军西逃境外，不得不进行的几千里范围内的大迂回作战虽然局限了火力的携带，但即便如此，新投入的崇明岛主力采取各个击破的方式投入到对各处的助剿增援的时候，僵局也在这个时候打破了。
就是在无线电时代的苏区战争时代，各个主力苏区相互难以支持策应的弊端都体现的十分明显，而在这个有线电报都并不存在的年代就更是如此。当反政府力量在整体上处于劣势的时候，集中往往代表很容易被集中剿灭，而如同清末白莲教起义那样的分散起事则更容易被各个击破，在这个时代同样也是如此。
感觉到无望的境内残敌这时候开始意识到海内再也没有多少前途，更不能困守自毙的时候纷纷向西北方向乃至塞北方向外逃，却在诸多要道上遭遇早就有所准备的新军兵力的拦截，接连不断的遭遇失败。
同大浪淘沙的明末农民军不同，远未有明末农民战争那种社会基础的情况下，非政府力量的机动作战面临诸多局限，各路起事人马声势浩大的反叛也就如同当年的方腊起事一样，在不超过一年甚至是以月为计的时间内就迅速的濒临失利了。
当然，国内的分兵转战，还是陆水两路的行军，还是让近卫军和新军主力的官兵们在归师的时候显得多少有些疲惫。
张小磊却实现打预防针道：“这些不过是在我们掌握当地政权的情况下对一些残敌进行围剿。如果是在西域境外作战，以后这样的水陆行军可能是常事了，要做好准备。不过我想以后的远征说时间短不会太短，说长也不会太长。。。”
冬季来临的时候，各地最后的清剿工作终于临近尾声了。除了缴获到大量的工匠和军械军辎之外，还从各地收缴到超过千万两价值的硬通货。虽然同李自成传说中从京城运走的东西无法相提并论，可购买力上的差异似乎也决定了这是一笔不小的能够为中央所掌握的资源了。
“硬通货还是有些短缺啊，看来之后的远征，为国内的发展需求提供基本的硬通货支撑也将是目标和任务之一了。。。”这个时候的张小磊也开始明白历史上的元末明初为什么之后很长的时间内商品经济似乎很难发展到较高的水平了。