东瀛15到16世纪的一百多年中，扶桑国群雄割据，幕府统治已经名存实亡，原来中央政府统治力量就不强的伊贺地区，短短一段时间内就出现了几十家不同的割据势力，这些势力纷纷造反并且相互攻伐，由于扶桑国人口有限，各势力的土地和兵员都十分短缺，因此想要战胜对方，就要靠培养特别的战士——“忍者”，进行侦察、偷袭、暗杀等活动，如此一来，很快就在扶桑涌现三十多个忍者流派，最有名的要数伊贺流与甲贺流这两个流派。
忍者既是武士又是刺客，接受东瀛忍术的训练，专门从事间谍、暗杀等活动。武功只是忍者所需修行的“忍术”中的一小部份，除此之外，还有“食、香、药、气、体”这五种必修科目，俗称“忍者五道”。
“食”，指的是忍者的食物，为了能够轻巧的出没于树枝屋顶等隐蔽处，忍者需炼出一身卓越的轻功，合格的忍者体重一般不能超过一百斤斤，忍者的一日三餐均以黑米、燕麦、豆腐、磨芋为主食；但在另一方面忍者为了保持充沛的体力，因此芝麻、松子、红糖、鹌鹑等食品也是不可缺少。
“香”，指忍者能通过衣服上的味道，来判断对方的俸禄和地位。但有时为了掩饰自己忍者的身份，忍者们常用商人、修炼者、和尚等七种身份，丁香、檀香、桂皮等香料便是他们用来制造不同的体味，增强伪装的真实性时使用的。
“药”，更不简单，忍者通常也是必须精通医道，需要善于运用山林中的各种树木和草药来治伤医病。长时间潜伏时为避免蚊虫叮咬，忍者随身携带着大量驱虫的药料，此外还有迷香，烈性毒药、雄黄、淫羊霍等用于不同任务时的各种药品。
“气”，指忍者注重修身养性，以便实战中可以集中精力、果断勇猛且处变不惊，与圣朝许多武林门派的修炼方法有惊人的相似。
“体”，是指忍者注重肌肉与关节的锻炼，同时配合静坐、呼吸、按摩、针灸等恢复方法来锻炼自己，以适应各种武技的需要。
除上述的“忍者五道”外，优秀的忍者还需了解天时历法西域火器，传说中的忍者高手，可以通过观看星空来预测天气，并自己调制火药与火器。
例如历史上有名的忍者“猿飞日月”所使的独门兵器，就是一支射程在五十米左右的突火*枪，这比以火器著称的明朝军队中最好的鸟铳枪射程高出一倍。只可惜猿飞佐助后来误入陷阱被杀，那件神秘的兵器突火*枪从此也不知所踪。
精神修炼：忍术和其他武术流派强调体质训练不同，它尤其强调精神上的修炼，并将其整个的训练体系，建立在了超乎想象的精神修炼基础上。
因为忍者所执行的大多是一去不回的高风险性任务，独自一人在敌人的巢穴中完成任务要克服对死亡、孤独、黑暗乃至于饥饿、寒冷、伤病等诸多困难，所以拥有强大的精神力量，是忍术之所以无坚不摧的真正原因。
作为一名忍者家族的后代，一经降生就必须接受残酷的命运现实——或者成为忍者，或者死去。
忍者从很小的时候起，就被灌输以对主人绝对忠诚的思想：除了自己的主人，任何人命令都不会听从，哪怕是天皇阁下也不行。通过从小开始这种精神洗脑而打造出的忍者比任何的宗教信徒都更加狂热，更加无所畏惧。
不过忍者也不是像邪教徒一样的僵尸般的战士，它有着一套切实可行的强大精神力量的训练方法。这种精神训练的技术才是忍术的秘中之秘，它就是东密的精神修行。
东密和中国的藏密，印度的杂密一样，是佛教中密宗的一个支派，而且东密对于人体念力的开发，向来有着自己独特的传承，在密教界一直以显著快捷著称，忍者通过通过东密秘法的修习，锤炼自己的意志，精神变得无比纯粹和坚韧，体内的潜能将得到最大限度的开发。
可以完全除去心灵的迷惑和恐惧，全神贯注的投入战斗。此外密宗认为人的身体有许多奥秘和潜能，只要通过密宗法门的不懈努力就能使修行者发挥全部潜力，让身体与宇宙沟通达到天人和一的境界，这和忍者追求的极限体术不谋而合。
密宗视大日如来为万物之主，极力推崇传承、真言和密咒。我们在一些影视作品或者漫画中经常可以见到忍者做出许多古怪的手势，那便是在表述东密主要修法之一的“九字秘印”：“临、兵、斗、者、皆、阵、列、在、前”这九字真言。
技能训练：忍者家族的小孩不论男女，都必须继承祖先的职业传统，一般从五岁开始就接受训练。训练的种类有五种，即平衡、灵敏、力量、持久及特殊技巧。
平衡训练从走竹竿开始，当能够在滚圆的竹竿上行走而不滑下，就将竹竿逐渐升高，最终要升到三四十尺高，达到奔跑跳跃如履平地的境界，这样就能在树上、屋顶及墙头上下攀援，行走如飞。
灵敏的训练也是如此跳过插着刀片的绳子，在布满利刃、枪尖的狭道中拐弯抹角急速穿行。持久及力量的训练最为艰苦，如双手挂在树上，支持全身，下面放满暗器，不容你松手跳下，以恐惧来激发体内的潜能作长久的支持。
长跑更是忍者的基本功，要求连续跑上五十公里路而不停下来休息，日行百里是家常便饭。至于特殊技巧训练就更令人吃惊。除了上述说过的，还有徒手搏斗，投毒解毒等。化装术更是忍者的特长，他们能制造人*皮假脸，改换性别。让一个忍者在人群中穿行，由几个人在一旁辨认，结果各人所见都不相同，高矮胖瘦，不一而足，真可谓"千面人"。还有隐身术，比如忍者在烟雾中突然消失就是一种，那是忍者事先挖好的一个地洞，然后趁着烟雾掩护跳入地洞，令追捕者失去目标，以为真有"隐身术"。
体质训练：忍术对于身体训练的强度也是非常残忍的。忍术所包括的内容，每一项忍者都必须精通。并且每项训练，都全是死亡淘汰赛，无法承受的人是不允许生存的。除了常规训练外，忍术还包括多种“怪力训练”，忍者通过它进一步磨练意志，忍耐力，生存能力等等。
这种怪力训练诸如连续数天不食不动，杀死自己的同伴，以及与猛兽搏斗等，是令人难以想象的。通过这些死亡率极高毫无人性的修行，忍者从精神到**都实现了超人的飞越。获得了超越常人的毅力、耐力、战斗力。
通过忍术的训练而幸存的忍者，个个都是一部绝对可靠的全功率战斗机器。
忍者的武功与当时日本武士的武功有根本的区别，忍者由于执行任务的特殊，通常不用倭刀或者长矛，而使用便于携带的短兵器和暗器。
传说明朝中原武林曾出现过一种叫“八角菱”的暗器，乃是纯钢打造，利如刀，薄如纸，大小不过两寸，散射出来如漫天花雨，且“八角菱”上喂有剧毒，极有可能是来自日本忍者之手。而忍者的徒手搏击也是一绝，十根手指如钢似铁，穿胸破腹，撕颈裂头，瞬间使人至死，虽然不及中原武术博大精深，但实用性强。
忍者的居所也同样神秘莫测，处处机关暗通，这是为了防范其他割据势力手下忍者的威胁。往往从外表上看来只是一间普通的民宅，但是座位旁边的地板下一般安有转轴，当有敌人闯进住宅时，只需轻拍木板，背面立即翻转，露出兵器，操刀应战。顶蓬的木板往往也是活动的，拉下来便是折叠的楼梯，便于隐藏自己或逃跑。
东瀛扶桑传统的房门是拉门，正面容易被人堵截，且出入时声音较大，所以忍者的房门是转门，可以不露声色，出其不意反攻对方。墙板上则处处有暗门，或用于逃跑，或暗藏兵器，有一间甲贺流忍者房间墙内竟有十七个暗孔，三十多种不同的兵器，简直是个隐形的兵器展柜。
忍术的理论基础乃是由圣朝传来扶桑的孙子兵法而来，之后再加上扶桑人自己的修练道，以及在扶桑山民在山中的伏击技巧等发展融合而成。
在平安时代时，由于武士阶级兴起，在山中伏击的兵法就由武士去发展。
在源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。
在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。
在扶桑战国时代，各个流派的忍术开始有了长足的进步，因为这个时代非常需要忍术、武术和兵法。
但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。忍术发达的地区有以下几处，忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称：武藏，甲斐，越后，信浓，伊贺，甲贺，纪伊。
其中伊贺流、甲贺流、纪伊流的忍术在日本是最为发达的。
忍者一般分为上忍、中忍、下忍这三个等级，而在甲贺流中并没有上忍这个称谓。
伊贺忍者强调的是个人作战能力，而甲贺忍者则强调的是集体作战的能力。
甲贺忍者只对自己的主公尽忠，而伊贺忍者则效力于出价最高的雇主。