王凝身死，石城令人战下首级，用长杆挑着，令费涛率五千骑兵携带王凝首级乘胜追杀孙琛。而孙琛领着败军马不停蹄赶到河西堡，何魁率众紧闭城门。孙琛在城下叫骂，何魁道：“孙琛，吾乃天汉忠臣，岂能为汝效力？还不下马受降。”孙琛佯装可怜：“我待先生不薄，先生何忍？”“私情而言，魁感激不尽，然足下叛国大盗，放你出走，于国有害！”这时，后军士卒报信：汉军已经追杀而来！孙琛翻脸下令：“全军随我破城！”
叛军为了顺利逃命，攻城极为猛烈，何魁本就是文士，手下又都是老弱病残，无法阻拦孙琛。叛军很快打破城门，但因为后方有汉军追赶，孙琛也顾不得何魁，率领部队直奔城门，再次夺门而出。费涛率兵随后进城与何魁见面，何魁随即告知战况，费涛继续让何魁守城，自己再次追击。
等到石城主力重新进驻河西堡，天色已晚。何魁迎接，石城笑道：“此番虽未阻拦孙琛，然歼灭其臂膀，亦是大功一件。”何魁笑道：“残疾之人，能为将军、国家效力，虽死无恨！”石城点点头：“目前孙琛兵无战心，又少了王凝，必然乱了心神，借此良机不容错失。”于是又让赵歇继续率兵追击接应费涛，务必一举渡过辽河。
孙琛一路败走，得知安在绪前来接应，这才稍微停住脚步，这个功夫才知晓王凝已死，孙琛一时心慌，跌下马来，诸将立马扶起，安在绪劝道：“将军不可自乱，已不可痛悲，此乃王将军之命数，还望将军收拾战心，再战石城。”这时后方传报汉军逼近，孙琛只得吩咐安在绪：“我军新败，不能力战，你所部人马当速速殿后，整顿后撤，其余军士立即渡河。”
安在绪奉命，率领所部人马前往抵挡汉军，想要拖延时间。结果两军一交锋，战不三合，费涛一刀劈伤安在绪，安在绪跌下马来，被汉军擒获，其余叛军见主将被擒，登时大乱，或自行逃命，或缴械投降，或负隅顽抗，总之不到一个时辰，安在绪所部全军溃败。费涛正要继续追击，手下左领黄充劝阻道：“我军至清晨到夜间，已经连续激战一日，叛军溃逃百里，我军也是强弩之末，若继续追击，恐有不测，何不·就地歇息，明日再行进攻。”
费涛想了想，否决道：“战机难寻，就在辛苦辛苦诸位将士，目前距河西大营还有十几里，我军到达大营后再歇。”“可是此战我们还投降抓获俘虏不少叛军，如何处置？”“多少人？”“约四五百人。”“此战我军杀敌多少？”“不清楚，估计千余。”“那好，就地消灭，算作歼敌数。”“这……”黄充有点迟疑，费涛厉声道：“动作迅速，非常之时非常处置！”于是汉兵瞬间将俘虏的叛军全部杀光，费涛看着安在绪的尸首：“此人衣甲与他人不同，或是叛军大将，将其首级一同挑高，随我出征。”黄充听令，汉军立即启程追赶。
孙琛渡河的队伍开始也有些秩序，结果不少安在绪手下士兵逃回，军中开始鼓噪。孙琛不得不先行一步，等到汉军杀到时，孙琛渡河全军才渡走一半，孙琛还立在对岸指挥军士秩序。这时汉军已经杀到，费涛看到还有大量叛军还未渡河，令人叫喊着，率先冲向叛军。叛军纷纷抢船，队形再次混乱，不少人紧急之下投河要游过对岸。孙琛在对岸看着心急如焚，可是又无能为力。于是渡河兵士都在劝孙琛赶紧返回辽阳，孙琛泪如雨下，于是抛弃西岸士卒，率兵而走。
费涛领着汉军厮杀一会，见对岸兵马远去，于是对叛军喝到：“你等已经被抛弃，何不立即归降？”叛军这才逐渐放下兵器，选择投降，这一战，不仅俘获降兵三千余人，还获得船只二十条。费涛这才指挥兵士看守降兵，等待大军主力东渡。
孙琛一路逃往辽阳，一路凄凉，不过数日，当初三万大军西渡辽河，以为一战而稳定辽东，结果现在仓惶逃亡，东归士兵不过四五千人，况且视为左膀右臂的王凝也死了，岂不天要亡我？不过孙琛还是有一丝心存侥幸，认为锦州之战，是汉军反击之战，依旧幻想汉军粮尽而退，不过自己也无法横扫北方了。
只不过他没想到，辽东已经陷入混乱，败亡之日不远。
在五月初七夜间，杨斛、夏侯祜所领船队抵达盖州，当夜就向盖州发起突袭，由于盖州守备空虚，不一阵汉军便占据盖州。次日清晨，安抚百姓，号召共抗孙琛，剿灭叛贼。盖州降将徐允道：“孙琛暴虐，手握重兵，不从者皆已死，然如小将苟且者亦是多数，将军只要发布讨贼檄文，不过数日，各县必反正归国，孙琛穷途，必然受戮。”杨斛笑道：“你所言正合我意。”
于是令文书立即写下檄文，又誊抄数十份向各地派遣士兵，发放檄文。两日内，复邑、金邑、海邑派遣使者告知杨斛，宣布反正。至此辽南摆脱孙琛控制，在辽阳的孙宇连忙关闭主要城镇之间的正常流动，宣布戒严。
在孙琛东渡辽河之日，张为国、董成旭再次起事，聚拢兵马七千五百人，占据太子堡，整个太子河一线尽在义军手中，并且派遣士卒逼近辽阳。由于威胁到辽阳，孙宇只能率兵进攻义军。孙宇也只有三千余人，但都是经过训练的可战之兵，义军虽众，都是民户出身，大部分刚上战场，于是一战溃败。孙宇一鼓作气就包围了太子堡。这时传来父亲兵败返回辽阳的消息，孙宇不得已只能返回辽阳。
张为国等商议，认为目前义军战力较弱，孙宇之兵尚且不能得胜，何况孙琛已经回到辽阳，不能坐以待毙。于是一面派遣精干人员先行前往辽南向汉军禀告情况，一面放弃太子堡，整顿兵马南下抢关夺寨，要和汉军会师。而孙琛要全力对战即将渡河的汉军，不想将剩余兵力浪费在义军。于是收缩兵力，备战汉军。
由于辽南汉军的檄文攻势，加上义军这一闹，孙琛又收缩兵力于辽阳，结果各地民变四起，当初孙琛肆意掳掠百姓来到辽东，希望增加辽东人口军力，可是败的太快，自己的幻想将吞噬自己。
五月十一，石城率领主力汉军两万五千人东渡辽河，一路顺畅无阻，并在次日召开誓师大会，鼓励全体将士一鼓作气一举消灭叛军。五月十三日，大军顺利抵达辽阳，石城没有发动进攻，而是将辽阳围困起来，召集各路人马共同前往辽阳会师。同时，张为国等已经和北上的杨斛会师，一同接受汉军指挥。五月十四日夜，杨斛、夏侯祜、张为国、董成旭率军抵达辽阳，共计兵马一万人，奉命再次攻陷太子堡等地，警戒四周，准备阻击可能前来支援的叛军残余力量。
汉军不慌不忙，每日三次派人向城内喊话投降，两天下来，孙琛被激怒开始射杀使者，汉军又誊抄劝降书，令士兵每日向城内射上几轮箭。如此几日下来，搞得辽阳城内人心惶惶。汉军信中又多次提及除了孙琛，其余不但一律免罪，若能生擒孙琛者，赏万钱，封爵赐田，限孙琛首级者，赏五千钱，赐田。孙琛军中议论纷纷，孙琛极度紧张，下令凡是看过、听过信件内容的人员全部诛杀，并且奖励告密者。结果诸将士卒相互诬告，甚至累及百姓。汉军还未动手，叛军就在内乱中消耗了数百人，还扰乱了军心，士气低迷。
五月十九日，汉军再次向辽阳喊话，声称辽北诸城已经反正归汉，整个辽东只有辽阳孤城一座，汉军即将发起进攻，需要反正的军民做好准备，孙琛这才完全从幻想中清醒过来，汉军后路根本没有断！
次日清晨，石城率兵亲临城下，发布攻城将令。汉军不分彼此，凡辽阳四门皆出全力进攻。此时的叛军早已经没有多少士气，除了孙琛、孙宇亲自防守的西门、南门战斗较为激烈，相持不下，北门、东门在一个时辰内就相继丢失，辽阳城内兵变、民变四起，反正士兵反穿衣甲，倒戈攻打孙琛、孙宇。
首先是孙宇支持不住，只能丢弃南门防守，带领残兵与孙琛合兵。孙宇向孙琛报告城内混乱、士卒相互攻杀，汉军已经攻破北门、东门，辽阳已经无法守住。孙琛慨然道：“既然大势已去，我父子只能死战。”孙宇劝阻道：“辽阳虽然危险，父亲却莫要轻生，我看北门汉军乃是张为国这乌合之众，其军战力最弱，父亲只要带领亲兵突击，定能突围成功，然后我等前往胡地，再图恢复。”孙琛笑道：“我儿清醒，为父听你之计。”
孙琛便和孙宇领着数百人直奔北门，一路凡有阻拦，不分部众汉军百姓，全部砍瓜切菜般强行突围，从西门到北门之间尸横遍野，血流成河。由于辽阳叛军、入城汉军、倒戈兵马都混战在一起，平民也就遭了殃，诸多士兵趁乱劫掠，杀人纵火。不仅导致辽阳死伤惨重，还让孙琛、孙宇顺利突出北门。由于孙琛父子是直接逃亡，根本没有顾上家眷，倒戈士兵便将怒火洒向孙氏家眷，一股脑的涌向将府，整个孙琛、孙宇家眷、仆从一共二百六十七人全部屠灭，财物尽皆掠夺。
直到下午石城进驻辽阳，节制全部兵马，这才安抚百姓，恢复治安。听说孙琛父子从北门逃走，石城让赵歇、费涛率骑兵两千人追击。
孙琛一路狂奔六十里，这才清点身边士卒，仅仅四百六十人。孙琛哀叹一声，下令继续北上。又行数里，途经隶属辽阳的荡山村，本来只是一个普通的小村庄。孙宇对孙琛道：“如今远去胡地，我军匆忙，不曾带上粮草，只有劫掠一番充实粮草，方能远行。”孙琛点头吩咐道：“各军入村，自行劫掠，自备三天粮食。”
可惜这一命令加剧了孙琛的败亡。汉军之前告诫辽阳城时，所说的辽阳已经是孤城，并不时虚言。从辽阳被围，明眼人都知道孙琛败局已定，许多汉军还未进攻的地方，都派人送来粮草、丁壮以示归顺。包括辽阳管辖的六座村寨以及三座堡垒，石城为避免孙琛败走时负隅顽抗，早就安置好部分兵马进驻附近的村寨城堡，荡山便是如此。，
孙琛率先冲进村子，可村子内不仅有青壮民众数千，还有三百兵士协防。在孙琛逼近时，已经做好主动出击迟滞孙琛的想法，现在孙琛主动进入村子，正好求之不得。于是汉军与民众一起分割阻击孙琛，还设置陷进活捉了不少叛军，虽然大部分青壮几乎不能交战，好在有三百汉兵稳住阵脚，没有溃散。
荡山还是依靠人数优势将孙琛残兵退路截断。孙琛指挥兵马反复冲杀，可惜效果并不明显，包围圈反而越来越狭窄。由于叛军早已没有人心，不仅是村中青壮，甚至老人妇孺都参与防备，随着汉军及民众越来越多，就把孙琛围困在荡山内的一座小山包之上。此山还是有许多树木可以作为屏障，孙琛将兵马围城一圈，凡是汉兵攻山，就放箭射击。围山的汉兵不想耗费兵力，于是加强包围人手围而不攻，一面派人速速联系汉军主力。
孙琛望着山下密密麻麻的人群，知道自己已经插翅难逃，激动地拔刀砍石，自己之前以为只要自己乘虚抢掠，村中平民会自行逃命，那时乘乱抢一些粮食钱财，没想到如今都拧成一股绳和汉军一起围攻自己，自己也陷入死地。孙宇也无计可施，任由父亲发泄，全军上下战意全无。
由荡山派出的联络人员出行不到数里，就碰上赵歇、费涛率领的骑兵部队，赵歇又派遣数骑回辽阳禀报消息，自己和费涛一起前往荡山。
赵歇所部不一会便抵达荡山。
孙琛站在山包上，听得大量马匹嘶鸣的声音，望着一篇黑压压的骑兵部队，知道彻底无望，自嘲着说了一句：“又给大将军送上一功。”说完，面向晚霞，拔剑自刎，血流如注，倒地气绝，年四十七。孙宇哭喊着“父帅！”带领周围士卒向汉兵发起冲锋，只是败局已定，劳而无功，赵歇可不想再有兵卒伤亡，命令士兵乱箭射杀。孙宇冲在最前，身中四箭，倒在阵前，年二十四。主将已死，再行搏命已经没有意义，剩余叛军放下武器，纷纷投降，赵歇清点俘虏，共计二百二十四人。
孙琛之乱，历时五个月，于五月二十日夜被消灭。