咸丰六年（1856年），杨秀清攻破清军名将向荣苦心建立的江南大营后，权势在太平天国内达到了巅峰，被大家尊称为“九千岁”。他的威名也传遍大江南北，震骇清廷，甚至洋人们都纷纷派遣使者到天京城觐见杨秀清。
杨秀清，祖籍广东嘉应州。五岁丧父，九岁丧母，由伯父杨庆善抚养成人。他不识字，以耕山烧炭为生，过着“零丁孤苦，困厄难堪”的生活。这种磨练造就了杨秀清坚韧倔强的性格，但也摧残了他的躯体，以致成年以后身材矮小，脸面瘦削，听力也有毛病，甚至还瞎了一只眼睛。
太平天国南王冯云山和西王萧朝贵先后战死后，为杨秀清的专权创造了机会。他通过居中调度、部署各种军事行动，（也的确带领太平军取得了很多军事胜利）进一步垄断太平天国政权，使洪秀全事实上被架空沦为“虚君”。
定都天京后，杨秀清陆续装神弄鬼，加封自己“禾乃师”、“赎病主”、“劝慰师”、“圣神风”等宗教称号，他的地位不断得到巩固。
自此，太平天国一切号令都出自杨秀清，“刑赏生杀，伪官升迁降调，皆专决之”，所有奏章都必须经杨秀清盖印才能传达给洪秀全，即使是“三把手”北王韦昌辉也不能直接上奏洪秀全，洪秀全仅仅只有盖盖章的权力，史料记载：“画诺而己”。一代枭雄的“天王”洪秀全，既混成了杨秀清的办公室主任。
杨秀清还取得“立而不跪”的特殊待遇，上殿觐见洪秀全时，杨秀清“立在陛下”，其他诸王则只能“跪在陛下”。
为太平天国做出如此巨大贡献的杨秀清邀功请赏，其实也并不过分。但是没读过书的杨秀清没有搞清楚，功劳再大终究也是职业经理人，职业经理人跟公司创始人争公司归属权，从道义上来讲，还是有点过分。
8月，越发膨胀的杨秀清在东王府上当着太平天国众官员的面，手舞足蹈称自己是“天父下凡”，并且以天父之名传旨给洪秀全，要他以及他的妻子赖氏到东王府跪迎听谕。
“天父下凡”这一出，让洪秀全确实有点莫名其妙：
虽然之前我也装神弄鬼拜上帝，那都是为了给大家洗脑，做戏给将士们看，东王你走火入魔还真上头了啊，这在我面前搞“天父下凡”这样的鬼把戏，居然连我老婆也要跟着来跪拜，你这装的也太不专业了吧。
洪秀全领旨后准备带妻子去东王府看个究竟。杨秀清看到洪秀全到了之后，突然神情严肃并用浑厚的声音对他说：大胆我儿，你看见天父，为何不跪？
洪秀全楞了一下，赶忙跪下，赖氏见状也随之跪下。
“天父”睁大眼睛问道：尔打江山几年，多亏何人？
洪秀全回答：自然是四弟。
“天父”又说：“你与东王都是我的儿子，为了打下江山，东王一直身处前线击杀清妖，你既然知道他有很大的功劳，而你是万岁，东王岂能是九千岁？”
洪秀全抬起头扫视了一周，见百官将士都信以为真，他担心杨秀清已经在外面设下了埋伏，便没有当场发作，大声附和道：东王对抗清兵，破江南大营，功劳最大，既然这次又是天父的意思，那当然应该同为万岁，我没有任何意见。
“天父”十分高兴，对洪秀全说：既然这样，那就这么定好了，我回天上去了。
东王天王实信，权太重，要逼天王封其万岁。那时权柄皆在东王一人手上，不得不封。逼天王亲到东王府封其万岁。
——李秀成《自述书》
让一个“万岁”来封另一个“万岁”，这种水平的领导的智商，放到任何一个时代都是作死。
洪秀全回宫后马上秘密召见韦昌辉、秦日纲、石达开，准备找机会除掉杨秀清。
这韦昌辉本是富二代出身，平时也骄横跋扈惯了，在太平天国里的地位，仅次于洪秀全和杨秀清，他对屡次立功后大权在握的杨秀清，一直心存嫉妒，尤为不满，这次洪秀全主动提出来要诛杀杨秀清，也正中韦昌辉下怀，所以对老大要杀老二的这个行为。韦昌辉立马表示支持。
秦日纲投奔太平军之前，家境非常贫困，曾经是矿工，由于为人比较仗义，所以成为矿工工头，并带领他们起义加入天平天国。在田家镇兵败后，被功高自傲的杨秀清罢免，半年后洪秀全恢复了他的职权。所以，头脑简单的秦日纲对洪秀全言听计从、脑干涂地。他也没有提出半点反对。
石达开在各王中地位最低，他平时言行都很克制。虽然他对杨秀清所作所为也有不满，但是他认为杨秀清的确战斗有功，再说争权这种事，也罪不至死。所以他提出来，目前大家应该要团结一致，集中所有的力量对付清军，尽量避免内讧，有什么误会可以一起开会讨论。
洪秀全并没有听石达开的建议，他杀心已决。下令：除掉杨秀清和他的两个兄弟。
表演完“天父”后的杨秀清也有所警觉。几天后，他命韦昌辉担任江西督师，命石达开担任武昌督师，命秦日纲担任丹阳督师，把天平天国三个兵权在手的主要领导调出天京，以便他能够顺利即位“万岁”。
天若使其灭亡，必先使其疯狂。
韦昌辉把杨秀清调他们三人离开的情况偷偷的告诉洪秀全后，就去江西上任去了。
7月26日，韦昌辉带着4000嫡系与秦日纲的3000多部队汇合后直扑天京，不到2个时辰就占据了城外的各个要害据点，并封锁了东王府和周围所有能够逃跑的街道。
到了东王府的西门城下，韦昌辉要守卫开门，守卫大声的拒绝了他:你没有东王令箭，我们不能开启城门。
韦昌辉嚣张的怒吼:你小子睁大眼睛看看老子是谁，我们是奉东王的手谕过来的，你们这群不要命的敢阻挡我？
守卫认出是北王韦昌辉和燕王秦日纲，有些害怕，也没有敢去核实手谕，于是打开城门放他们进去了。他们的部队很快包围了东王府，韦昌辉带着一群心腹想冲进东王府，门外的护卫挡住了他们。
韦昌辉想带人破门而入，可是这群守东王府的护卫都是身经百战的精英老兵，面对这种阵势，并不示弱，纷纷拿起武器殊死抵抗。
喊杀声、惨叫声、求饶声、兵器的敲打声划打破了夜空的沉默，双方战斗激烈打得难舍难分。
韦昌辉突然故伎重演，他对着护卫大喊道：我是奉天王的诏书来诛杀反贼，你们这些人如果知道悔改现在归顺，天王就不再追究你们责任，如果你们继续反抗，那么全部将要被族灭。
这些不明真相的卫士们果真都被唬住了，他们放弃抵抗，渐渐的散去。
韦昌辉与秦日纲领精卒，五日驰至，夜深叩水西门，卫不纳，曰：‘无东王令箭，城不启。’韦昌辉怒曰：‘吾奉东书，汝辈敢阻？’卫士惧，乃纳之。至秀清府，守者拒焉。昌辉夺门，卫士殊死战，昌辉大呼奉诏讨贼，顺才释勿罪，渐散去。
——清·罗敦融《太平天国战记》
韦昌辉站在昔日被视为圣地的东王府门前，压制不住自己兴奋、嗜血的本性，大刀一挥，带着心腹们冲进了东王府并要人用力撞开了杨秀清寝宫的大门。
杨秀清坐在一张可以同时睡满20个人的特大黄金床上，身边躺着几个衣冠不整的漂亮女孩，他其实早就被外面的打斗声惊醒了，他还以为遭到了清军的突袭。杨秀清在慌乱中披上了衣服，这才知道发生了什么事，他对着门口大喊：“快给我来人，有刺客。”
韦昌辉缓缓的从腰间抽出了战刀，双眼泛着寒光，他轻轻的说道：天父，这里除了这几个陪葬你的女冤魂，已经没有人能够再听从你的指挥了。
平时盛气凌人的杨秀清脸上写满了恐惧，他瘫坐在地上，脸色一下子变得灰白：“吾乃天父，是诸王之王，是天国的第一功臣，你还不能杀我！我要见天王。”
韦昌辉走上前去，蹲下身子，脸上露出了残忍的笑容：“胞兄，小弟是奉天王命令来诛灭你的。你冒充天父，妄称万岁，还想要谋逆造反，实在是罪大恶极，我今天来送你这个‘天父’归位。”
杨秀清瞪大眼睛绝望了的骂道：“韦昌辉，你这狗东西忘恩负义，当年你田家镇兵败，是重罪，我本可以杀你，仅仅只罢免你。洪秀全要你今日来杀我，明日同样也可以要人杀你！你嚣张不了很久。”
韦昌辉收起脸上的笑容，犹豫了一秒钟，他避开杨秀清的眼神站起身没有再回答，双手紧紧的握住了刀向前挥去，血溅了一地，杨秀清的人头滚落到地上。
随后，韦昌辉脱下带血的外衣盖在杨秀清的尸体上，左手高举杨秀清的人头歇斯底里的喊道：逆贼已死，给我屠尽东王府，无论男女老少，一个都不要留！
韦昌辉下令屠尽了东王府所有无辜的人。
连夜赶来的石达开看到杨秀清已经被诛杀，韦昌辉、秦日纲仍然在天京城内疯狂肆虐、滥杀无辜，也被惊呆了。
石达开从湖北赶到天京城，想阻止他们继续杀戮，可杀红了眼的韦昌辉准备连石达开也一起砍了，石达开在自己守卫拼死保护下才下逃出天京。
韦昌辉下令：屠杀整个翼王府。并要人点火焚离东王府不远的烧翼王府，大火烧了三天三夜，翼王府建筑几乎全部被毁。石达开的三千族友全部死于屠刀下，包括他自己全家老少无一幸免。
此后很多天，天京城内日光惨淡，空气中都充满了刺鼻的血腥气味。
“昌辉既屠杀东王府和翼王府，又屠杀‘文武大小男女’，甚至婴儿都不能免。从观音门口内推出的尸骸，漂流在长江上。”
——罗尔纲《太平天国史》
自金田起义至天京事变，太平军征战南北，从来没有被清军一次性击杀过上万人。可这次在韦昌辉的屠刀下，共计两万多太平军的久经沙场的老兵以及杨秀清、石达开的无辜亲友人就这样冤枉的葬送了。韦昌辉这种惨绝人寰的行为，对太平天国的意志和信念是一个沉重的打击。
杨秀清临终的遗言阴魂不散的在信仰崩塌的韦昌辉耳边萦绕，他寝食难安，一连几个晚上多次在噩梦中惊醒。
精神恍惚的韦昌辉赶到要求洪秀全把杨秀清在天王府中的妹妹杨宣娇交出来，想斩草除根，洪秀全回绝了他。他又要求洪秀全下诏，把杨秀清的弟弟杨辅清从外面调回来，洪秀全同样拒绝了他，并把吴三桂曾留下来的那16门铁铸大炮架在天王府内的堡垒上，震慑城外正处于癫狂状态的韦昌辉。
在天京城外的石达开对韦昌辉、秦日纲滥杀无辜义愤填膺，这些无辜的士兵可以战死，但是不能被自己人屠戮冤死，他发誓要为这些死去的人报仇。
躲了几日石达开回来后向洪秀全要求，让自己带四万大军去为冤死的太平军人声张正义，洪秀全同意了，但只给了他两万人。
11月2日，石达开带着这两万人火速包围了天京城的中正街白下路“北王府”，没用多久就擒下韦昌辉，当场下令对韦昌辉五马分尸，挂在天京城内示众，并到中正街升平桥“燕王府”捉拿秦日纲带回天京问罪。
9月18日，天京城外原本碧绿的江水突然被染成了红色，无数身着黄衣黄褂的尸体顺河漂流而下，刺鼻的腥臭味笼罩着整个天京城。
一个带着斗笠穿着黑色衣服的年轻人悄悄的从天京城门出来，他把斗笠压低，骑上一匹早已经准备好在门口的快马，马不停蹄的向西南方向赶去。
经过一天一夜到了江西曾国藩营府处，年轻人跳下马，告诉湘军营外值班护卫，自己是“采编所”的情报人员，要求见曾国藩。
湘军军营出来了两个护卫给他搜身，问明情况后陪着他走了进去。
走进营房，密探气虚喘喘的对正在研究南京地图的曾国藩说道：“曾大人，小人是“采编所”侦探处的侦探，名叫程奉璜，一年前奉采编总管张德坚的命令，已经成功潜伏在太平军的内部。小人刚从天京城回来，有重要的情况跟曾大人汇报，太平军东王杨秀清在南京被诛杀，石达开的族人，全都遭到了灭顶之灾，数万名长毛的尸体，浮在长江上。”
曾国藩思索了片刻，问道：是你亲眼所见？
程奉璜回答：长毛在江上的尸体，是小人亲眼所见。但是杨秀清被杀，由于情况紧急，小人未经核实，是从长毛军中高层传出，应该不假。
曾国藩认为有诈，要人拿出了一些银两给程奉璜，说道：你先回去，千万要注意保护好自身安全，对这些异常的信息一定要搜集准确，对长毛的一切动向再进行密切关注。
11月13号，江西的子夜寒风呼啸，曾国藩依然没有改掉在夜里看书的习惯，他正在湘军营府里的火炉前看书。
营府外面随着一阵马蹄扬起的尘土，一个带着黑色面具的人从马背上跳下来，摘下面具和手套，是程奉璜，他搓了搓冻红的双手对卫兵说：我要求见曾大人。
值班的卫兵拦住他：曾大人已经休息了，你有什么事情，明日再来吧。
程奉璜双手抱拳：我真的有非常要紧的急事相报，恳请求见曾大人。
这晚正好是营官鲍超在检查营府值班情况，他对卫兵领班模样的人挥了挥手，你让他先等一下。然后招呼另外两个卫兵，你俩去给他搜一下身，我去先禀报曾大人。
几分钟后，鲍超出来对程奉璜说：兄弟，你跟我进去吧。
鲍超领着程奉璜推开了曾国藩的门。
曾国藩放下手中的书对鲍超说道：春霆，你叫人先去给他倒碗热茶，天太冷，人家从天京连夜赶过来的。然后把火炉往前推了推，注视着程奉璜说道：你先烤烤火，暖了再说吧。
程奉璜整了一下被风吹乱的衣领在曾国藩对面坐下，他把手放在火炉上方，两分钟之后，他接过鲍超刚端上来的茶，喝了一口说道：“曾大人，几日前石达开带重兵围住了燕王府，抓了韦昌辉，昨天，韦昌辉已经被五马分尸了，他的尸体被挂在城墙上示众，小人亲眼所见，确定是韦昌辉。而且秦日刚被捆绑在囚车上，石达开带人把他押往天王府。”
曾国藩用手指轻轻的敲了敲书案，冷静的说道：“长毛之祸乱，指日可平矣！”
“天京事变”暴露了太平天国的几个高级将领的缺点：杨秀清骄横跋扈荒淫无度，韦昌辉灭绝人性乱杀无辜，洪秀全心胸狭窄优柔寡断，石达开诚惶诚恐信仰崩塌。已经为太平天国结局的悲剧埋下了伏笔。
太平军从“金田起义”开始，短短6年从原来的5000人扩张到巅峰时期的20万人，其中有5万精锐，不少人已成为独当一面的杰出军事将领。在这次内讧中，一半的猛将精兵成为冤魂，太平军对天父、天兄已经不再信任，对未来彷徨和迷茫、不安和失望。意识形态、信仰出现巨大的动摇，顶层设计的混乱和人才的断层，中枢政权处于颠覆的边沿。
10月22日，石达开向洪秀全请求处以秦日纲极刑，除去他的爵位。