威廉对教会征税并收回教会的财产、权力，这自然引起了威廉和罗马教皇激烈的教俗斗争。
为此，威廉曾经被教皇利奥九世革除教藉，这为他招来了苏格兰人的南侵。
幸好，威廉及时向教皇利奥九世服软，付出不少代价后才恢复教藉，于教皇恢复和平。
不过只要威廉没有停止对英格兰教会的控制和索取，这个矛盾就不会消失，等利奥九世腾出手来，他定会再次将威廉作为目标进行打击。
威廉这两年执行的政策多少有些不得人心，被贵族、教士、商人和士绅们视为“苛政”。
由于战争的频繁，威廉常常需要征调其附庸贵族的军队加入到战争中，但很多时候因为各种因素，他不可能将王国内所有的封臣都征调来。
更何况，威廉向来轻视附庸贵族的征召军，认为他们远不如自己的常备军强大，和不方便调遣和指挥。
因此威廉要求附庸贵族在亲自带领封建队伍服役或者用金钱赎免服役两者之间做出选择。
这样就将封建军役改为了付款，威廉称之为盾牌钱。
此外，威廉还对一切买卖征收战争税，每交易一磅金额的货物就要抽取一便士的战争税，当时一磅等于40便士。
威廉将在自己领地上征收的通行税扩展到了他统治下的英格兰王国和诺曼王国，对进出王国的商品进行征税。
羊毛和棉的纺织品、武器以及粮食、酒类是最主要的进出口商品，威廉除了在主要交通要道设置税卡和在港口直接征收关税外，还通过高价出售进出口许可证的方式对进出口商品进行控制，而这一方式又极大地扩充了其关税收入。
不过总的来说，因为英格兰王国进出口关税管理十分杂乱，税收官员贪腐严重，威廉从中获得的税收也十分有限。
改革税务体系需要循序渐进，威廉手中没有那么多专业的税务官员，加之缺少足够的监督，这导致了贪腐横行。
为此他不得不专门开设税务法庭，每年进行审判的税务官员不下六十余位，没收的赃物高达三万英镑。
同时，威廉也在伦敦和温切斯特分别开办了两所行政和税务学院，并在鲁昂设立了一座大学，专门用来培养税务官员和行政人才。
威廉还开始普遍征收营业税，他对商业近乎灾难性的征税和他的一系列鼓励商业的政策几乎是同步进行的。
他提高了原有商品税和关税，征收新的营业税，为此还不断扩充税务稽查员、公证人和检查人员。
英格兰和诺曼王国的商业被行政管理网罗所束缚，就像种花家那样，只有听从国王和政府指挥的商人才能在这个国家做生意。
同时，大量的利润丰厚的行业被王室财团诺曼底财团所垄断，伦巴第人、意大利人和犹太人的商业遭受大巨大的打击。
与之相对应的却是诺曼人的商业活动受到了威廉和政府的支持，只要是诺曼人所有的商行，都可以获得税收和行政上的优待。
这些外国商人在威廉看来毫无益处，他们不能为王国捐纳资金，不愿响应威廉捐献的号召，却总是趴在王国身上吸血，将一枚枚英镑金币从王国手中拿手，这是他绝对不容许的。
相较于这些外国人，威廉更相信被他所掌控的本国商人们，这些商人同时也是本国贵族的代言人，他们大多都是为诺曼贵族们服务的，自身的生意大半都归属于诺曼贵族所有。
因此，威廉对本国商人们另眼相看，甚至和他们一起吞食他国商人的财产。
威廉对他国商人商业和城镇集市的横征暴敛，伦巴第人、犹太人和意大利人被沉重的赋税所压垮，他们更加愿意走海路把东方商品转运至鲁昂和威塞克斯出售后就离去，而不愿在英格兰进行投资。
只有那些像威廉输诚的外国商人们才能获得平等的对待。
另外，威廉还试图建立直接税体系，包括财产税、遗产税、所得税、烟囱税、窗户税、结婚税等，但受到了民众的坚决抵制，执行难度很大。
例如在今年1049年二月的时候，他开始征收一种商品的销售税，这引起了鲁昂的骚动，进而各城镇也纷纷抵制，最终威廉只得暂时不征收这种销售税。
威廉在税收上的“苛政”多少有些迫不得已，算算从他执掌诺曼底公国以来，十年间经历的大战就多达五次之多，国内更是数次掀起叛乱。
不断的战争使得他不断寻找财源，甚至将罪恶的手伸向教会的金库，且一次又一次的通过迫害犹太人来征收摊派税。
仅仅在去年1048年，威廉就从犹太人哪里得到了44000英镑。
从另一个角度来看，威廉的做法似乎只是对诸多世纪以来封建贵族和庄园主们实践的延续。
所不一样的是，这些收入变成了由王室征收，成为整个王室领地上的普遍行为。
但正是这一点，使其收入机制成为一种新的、全国性的，更加权威和近代异议的税收政策。
总的来说，威廉的权力不断扩张，使得他在他的时代通过建立起领先各国的各种财政政策，极大地扩大自己打的收入，进而又强化王权。
虽然王室收入的增长依旧跟不上开支需求的急剧膨胀，行政收入在政府收入中没有达到很大的比重，且威廉的直接税体系也难以贯彻和执行，但至少为后来的改革奠定了基础。
威廉相信随着王权的进一步集中和财政管理、税收体制的发展，直接税体制最终将在王国境内全面铺开。
此时，主要构成政府税收收入的除了土地租税之外，还有商品交易税、人头税、盐税和关税，这四大税种并成为英格兰四大税种。
由于税务人员和行政官员的缺乏，除了诺曼底、威塞克斯和约克等直辖领地的大城市和港口外，广大乡村和附庸贵族领地里的税收还是依靠包税制来解决。
通常威廉将盐的专卖权授予王室财团，再由诺曼底财团的金融家和商人们负责分配、转送和专卖。
每年这些金融家和商人们都需要向皇室预付一笔相当于盐税的贷款，等盐被出售万后再偿还这些贷款。
事实上英格兰间接税基本上也都采用这种方法执行。