郑成功起兵之初，其麾下多为郑氏族人及其父郑芝龙旧部海寇和走私集团私军，将领多为郑氏老人。
永历四年，郑成功杀其族兄郑联、驱逐郑彩取了厦门。永历六年，清军攻破厦门，郑成功杀其堂叔郑芝莞，逼其叔父郑鸿逵下野，至此完成了对郑军的完全掌控。
郑成功治军严苛，这在当时的情况下实施严刑峻法本来也是无可厚非，但他错就错在擅杀、乱杀。他一生大小战役上百次，诛杀临阵脱逃者、作战不利者不计其数，并且牵连全家。
郑成功杀下属不但喜欢杀其全家，而且在他的控制区域内不服从号令的城寨，也是动不动就屠城屠寨，老少不留！
时厦门同安人阮旻锡在所著的《海上见闻录》中对他的评论：用法严峻，果于诛杀，于是人心惶恐，诸将解体。这确实就是对他的真实写照。
总的说来，郑军麾下将士对郑成功只有惧怕而根本没有出自内心的尊重。
后世历史上郑成功北伐南京，清军挨个攻打郑军各部，总兵力远多于清军的郑军因为没有得到郑成功的命令而不敢救援，眼睁睁看着友军被消灭而导致最终全军溃败！
到了收复大员之后，郑经通奸事发，郑成功派人赐死郑经，却遭到留守金厦的将领群起抗命，其中就包括黄廷、王秀奇等自他起兵之初就跟随多年的老将。
此时大兴军大兵压境，郑成功询问应对之策，满堂文武竟无一人应答，一则大兴军和清兵不同，本身同属汉人军队，而且兵力强盛，根本不是郑军所能抗衡。
但最主要的还是众人都清楚郑成功的性格，施琅就是前车之鉴，郑成功不但不采纳他的谏言反而将他革职，后来更是杀其父兄逼反了他。这种情况之下，谁还敢跳出来自触霉头？
“国姓！下官以为降大兴军也未尝不可！”
一听此话，众人都吃了一惊，在这关头劝国姓爷投降，那岂不是找死？不过大家抬头一看，却又放下心来——原来说话的是张煌言。
张煌言属于鲁监国浙东一系，虽然现在寄居金厦，但他现在还挂着永历帝所封的监军兼兵部左侍郎的职衔，郑成功既奉永历帝为主，也不好明目张胆地斩杀这么一位“朝廷重臣”。
不过郑成功也没有好脸色给他看，他瞟了张煌言一眼道：“此非降战之议！”意思就是说今日不是商议降与不降，而是如何应战的问题。
张煌言本是浙江鄞县（今宁波市鄞州区）人，他出身于前明官宦之家。清军入关，南京失守之后，与钱肃乐等起兵抗清，后与张名振等奉鲁王朱以海转战于浙东沿海，入据舟山，清军攻陷舟山后，二张又奉鲁王跑到福建依附于郑成功。
永历九年，张名振与张煌言合兵三入长江，抵燕子矶，因兵力单弱无功而返，于是又会同郑成功部甘辉、陈六御等收复舟山。张名振死后，原本遗嘱由张煌言统领其军，而郑成功却下令由陈六御接掌。
次年清军再度占领舟山，陈六御阵亡，张煌言率领残部逃回厦门继续依附郑成功，郑成功令其率军驻金门。
张煌言奉鲁监国为主，但鲁王朱以海已经于永历七年自去“监国”号，如今鲁王监国一系文官武将基本都被郑成功收买拉拢，只有张煌言不愿投效于他。
大明已亡，但汉人还没有死绝，鞑子早晚要被赶出中原，可最有希望完成这个壮举的不是郑成功，而是汉王！
在张煌言看来，晋王李定国英雄了得，尚且投于汉王门下，可见汉王绝非浪得虚名之辈，况且大兴军兵强马壮，坐拥七省之地，连鞑子都要避其锋芒。
郑成功却负隅顽抗，此举无异于螳臂当车，还不如降了大兴军，一同对付鞑子才是上策。
但郑成功可没有投降的想法。李元利在广东之时，便给郑成功连发三信劝他投降，要是他愿降，又怎会等到现在？
“降贼之事，休要再提！”郑成功一声厉喝，将众人有些恍惚的心思震了回来。
然而还是没有人对如何应战大兴军发出建言，这令郑成功心下更是震怒，他看着一众文武将官指名问道：“华明！你且先来说说。”
话声响过，一员壮硕的武将出列拱手道：“国姓！末将只知冲锋陷阵、用命杀敌，该当如何行事，但凭国姓吩咐就是！”
此人姓黄名廷，年约三十五六，早些年也拉了一支小队伍抗清，郑成功起事之后便率部来投，深得郑成功信重，现任前提督一职，是郑军中的重要将领。
黄廷虽勇武有力，但却非鲁莽之辈，他深知郑成功的性格，所以此时只是一味附和。
果然此举对郑成功来说最是妥当，他轻轻颌首道：“两军相逢勇者胜！若众将士同华明一般有此心，大兴贼便休想踏上厦门岛一步！”
众将齐在心内暗骂黄廷“卑鄙无耻”，只有右提督马信出列奏道：“国姓，大兴贼兵甲犀利，更有铁甲战舰十数艘，此番倾巢而出，来势凶猛，然我军困处孤岛，不得不战！”
这马信原本是前明浙江台州(治今浙江临海县)总兵，清军陷浙江后降清，永历九年又率部归队了郑成功，被任命为右提督。
满堂文武官吏之中，只有他对郑成功的性格不甚了解，此时见众将都拿不出一个主张，便想跳出来出个风头，以搏国姓爷赏识。
“我军驻于鼓浪屿，大兴贼定然会从岛南进军。以末将之见，当集重兵于岛南以抗贼军，只要能挡住大兴贼水师攻势，厦门便可安然无恙！”
郑成功听了此话却道：“大兴军水师集于岛南，步卒集于岛北，两面夹攻，若我军只于岛南拒敌，大兴贼于岛北登岸又当如何？”
“我闻大兴贼步卒强悍，作战时以一当十，连鞑子也不能相抗，若他们一上岛，又有何人能够抵挡？唯一之计，只有在海上用战船阻之登岸方为上策！”
“国姓，大兴贼集于岛南之水师，光铁甲战舰就有十二艘之多，特别是其中一艘万石巨舰，非我军战船所能抵挡，国姓若再分兵，厦门危急也！”