南瞻部洲的共主炎帝爱好广泛，他制作五弦琴，娱乐臣民；推广陶器，改善生活；首辟市场，方便交易；织麻为布，抵御风寒；发明耒耜，种植五谷，奠定农耕基础。后来，精力过人的炎帝又迷上了医术，为了确定药性，他不仅翻山越岭尝遍百草，甚至曾独闯都广之野，攀登建木来到玉帝的花园里摘取瑶草，帮百姓消灾祛病。只可惜这样一位仁慈的明主，却独独忽略了军事建设，导致神农氏族的统治出现了空前严重的危机。
九黎部落崛起之后，雄心勃勃的蚩尤主动联合三苗、夸父和魑魅魍魉等部族进一步向周边不断扩张。
见共主炎帝始终没有率军前来征讨自己的意思，蚩尤的野心迅速膨胀。肆无忌惮地北扩之后，蚩尤势力很快便与炎帝势力产生了正面冲突。蚩尤联军作战勇猛，所向披靡，短时间内便击溃了神农氏族，然后挥军继续向西北不断推进。
炎帝战败，不得已只好向雄踞于北方的盟友黄帝求救。
蚩尤侵伐诸侯，黄帝早就看出他有不臣之心，所以，在大力发展生产的同时，也积极进行着军事准备。见炎帝独木难支，黄帝在命令大将力牧作为先锋率部先行南下阻击的同时，又命常先为使征召其他以熊、罴、貔、貅、貙、虎等猛兽为图腾的部落立即率军前来参战。
然而，蚩尤联军不仅使用的铜制兵器精良坚利，而且集结了八十一个部族人多势众，在实力上占据着绝对的优势。所以，双方主力部队正式对决之时，蚩尤果断命令牛高马大的夸父巨人族率先发起冲锋，而自己则亲率九黎三苗、魑魅魍魉等部将士尾随其后，主动向炎黄兵团发起了猛烈地攻击。炎黄兵团虽然也勇猛善战，但无人是挥舞着巨斧的蚩尤之敌，面对着蚩尤联军势不可挡的凌厉攻势，只得败退下去。
幸好雨季及时来临，蚩尤联军虽然连战连捷，但因为补给线过于漫长，导致后勤运输跟不上进军的速度。而炎黄兵团数战不胜，赶紧趁机且战且退。转眼，双方相持一年有余。
思维活跃的炎帝考虑到近战很难占到蚩尤联军的便宜，反复思考之后，他将富有弹性的木头弯弧成弓，将硬度很强的树枝削成尖锐的利箭，于是远程攻击武器弓箭发明了。
见炎黄兵团九战九败，危如朝露，仙人广成子直接把黄帝接到了崆峒山上，一起斋戒静修。三个月之后，黄帝心同死灰、形若枯木，但慢慢地运神观看，只见那些落在蚊子睫毛之上都不会相互磕碰的焦螟居然大得像嵩山的丘陵一样；慢慢地运气聆听，焦螟砰砰呼吸的声音恰似霹雳在耳边震响。黄帝大喜，明白自己的修为已经进入到神明空寂之境。
回到军中，修为大涨的黄帝非但没有立即发起反击，反而开始主动撤退。当战争进入第三个年头，炎黄兵团撤退到涿鹿的时候，头绾九龙飞凤髻、身穿金缕绛绡衣的九天玄女率领部族加入到炎黄集团之中，并奉西王母之令传授黄帝三宫五意、阴阳之略、太乙遁甲、六壬步斗之术、阴符之机、灵宝五符五胜之文，以及兵符印剑；为了鼓舞士气，震慑敌军，九天玄女命族人远赴东海流波山，捕捉异兽夔牛，制成八十架能够响彻千里的战鼓。炎黄兵团终于不再后撤，黄帝意识到，战争的转机出现了。
经过精心部署，在一个大雾弥漫的清晨，炎帝领命带着风后最新研制的指南车，协同力牧军主动向蚩尤发起了突袭；轻敌的蚩尤联军被打了个措手不及，新型武器弓箭更是让他们难以招架，以致伤亡惨重；蚩尤将计就计，冷静地稳住阵脚后，果断召唤风伯、雨师相助，随即，风吹雾散，雨落泥泞，黄帝突袭之军立刻优势全无；而蚩尤则迅速组织起人马，全力展开反击。
蚩尤的反应，全在黄帝的算计之中。已经通神的黄帝立于涿鹿西灵山之巅，将战场情况看得一清二楚，见蚩尤军开始疯狂反扑，黄帝从容命令九天玄女麾下敲响夔牛大鼓，让炎帝、力牧军按计划往西灵山河谷撤退。
机不可失，蚩尤急忙传令：全军出动，踏平涿鹿。为了延缓炎黄兵团“逃跑”的速度，蚩尤恳请风伯和雨师全力施展神通，一时之间，涿鹿全境雷电交加、风雨大作。
很快，蚩尤联军便全部追进了西灵山河谷，而此时西灵山河源头水关大坝也如黄帝所愿蓄满了雨水；随后，夔牛大鼓又一次敲响，身穿青衣的天女旱魃得令，立即飞抵阵前施展神通，顿时风消雨散，酷热难当，赤地千里；炎帝、力牧军趁机脱离困境，全速撤往立于高处的黄帝营寨之中。
眼见即将前功尽弃，蚩尤失去了理智，不顾将士们早已经饥肠辘辘、疲惫不堪，下令轻装上阵、全速追击、决一死战。
可惜蚩尤联军人数太多，河谷之中想要机动快速地通过，几乎没有可能。随着八十面夔牛大鼓同时擂响，应龙毫不犹豫地掘开了水关大坝，顿时决堤的洪水发出惊天动地般的怒吼，排山倒海般直灌西灵山河谷，山洪不断翻腾汹涌，夹杂着无数的石块和折断的树枝一路咆哮怒号势不可挡。蚩尤联军中的弱者腿脚发软，根本来不及反应，便已经葬身于怒涛之中；强者向着高处夺路狂奔，可惜河谷周边可供立足的高平之地实在太少，慌乱之中因拥挤拉扯而跌落山洪里面的士卒不在少数，一时间哀嚎之声响彻回荡、不绝于耳……
数日之后，山洪过去，望着一片狼藉的营寨，蚩尤有生以来第一次感觉到了绝望。果然，随着黄帝一声令下，八十面夔牛大鼓同时擂响，黑压压的人马潮水般地向蚩尤营寨涌来，整个战场地动山摇，杀喊声直冲宵汉……炎黄兵团在冀州之野擒杀蚩尤后，黄帝担心蚩尤死后亡魂继续作怪，下令将他的头和身子分别埋葬于相距遥远的两个地方。