穗城，自二十一世纪以来成为全国科技最为显著的地方。而逐日高中则是穗城科技最为发达的地方。他们的科研部似乎与政府有着秘密的合作研究活动…
这里是存在奥特曼的世界，不过已经是过去式了。自从击败天使佐格之后，地球迎来了久违的和平。盖亚和阿古茹也没有再出现了。人们都认为盖亚和阿古茹已经回归他们本来的地方。但是为了防备怪人再次出现，人类开始研制属于人类操纵的战甲，按照奥特曼的外形设计，科学家们称之为“机动奥特曼”。
城市的喧嚣在这里很难听到，逐日中学选址在一个僻静的地方，每日入眼的不是汽车和高楼大厦，而是辛勤耕作的农夫与开阔的田地。夜静悄悄的到来，真亚闭上双眼，听着耳边传来青蛙的鸣叫，此起彼伏的吵闹声使他难以入眠。
“唉～这青蛙，大半夜的办事也没必要这么大声嘛。真是，睡个觉都不安宁。”虽然是抱怨，但真亚也没有发出太大的声音，避免吵醒熟睡的室友。他缓缓地穿上拖鞋，走到阳台厕所如厕。
半睡不睡的真亚眼睛疲惫不愿睁开，凭着感觉摸着墙来到了厕所门口。隐约之间，有一道红色的光照在他的脸上，光芒极力扒开他的双眼。真亚看不清远处是什么，但这巨大的身躯表明了他的身份——他是奥特曼。两个巨人正在后山和怪兽搏斗。怪兽身上飘着魔幻般的紫黑色烟雾，巨人的攻击对他貌似不起作用。
“这…是盖亚和阿古茹？！他们又出现了，可这个怪兽的样子怎么这么诡异？它身上有种说不出的感觉。”真亚心跳加速，没有什么能用来形容他脸上的激动。他忍不住近距离观测奥特曼与怪兽的战斗，于是偷偷翻了出去，跑向了学校后山。
（让我们直击现场）
“阿古茹，现场的环境检测的怎么样了！”盖亚甩开怪兽甩过来的魔爪，“不清楚，这附近仿佛有什么在操纵着这个地方。”半跪在后面的阿古茹，已经闪着红灯。阿古茹紧紧的按住腹部的伤口，不曾移开对怪兽的视线。
盖亚后退，释放光子冰刃，阿古茹也同时释放光子粉碎机。两道由头射出的光线一并飞向谜之怪兽，轰炸起了极大的烟雾。烟雾散去后怪兽却安然无恙的站在原地。盖亚手一甩“可恶，根本不起作用。”
回望一开始。阿古茹感觉到逐日高中附近的环境有怪异反应，谜一般的气体弥漫着。阿古茹在蓝色光芒中现身，观察着周围的环境。突然，迷雾中伸出爪牙，将阿古茹的腹部划开一个口子。大量的光从腹部溅出。“刹～”阿古茹痛苦地捂住伤口，急忙后退。等到盖亚到来，阿古茹已经难以作战。
继续回到到烟雾散开，怪兽对天吼叫，同时围绕着逐日高中升起了暗紫色的结界。阿古茹和盖亚望着四周，力量慢慢的消散，两两倒下了。
刚刚来到此处的真亚就看到了倒在面前的盖亚，盖亚与真亚对视，交付给他一个水晶，里面是盖亚仅存的力量。真亚脸上充满了惊叹，傻傻地接住了盖亚水晶。在黑暗中飞快地跑回了宿舍。
醒来的人当然不止真亚，怪兽震耳欲聋的鸣叫使整个逐日高中灯火都亮起，学生纷纷看向了吼叫发出的方向，却什么都没有看到。但是远处的结界却吸引了他们的目光。不久就有军队进入包围了后山，四处寻找有没有遗留的威胁。没有找到怪兽，也没有找到关于巨人的物品。
真亚来到科研部的研究所，四处寻找着，发现了熟睡在椅子上的汇鑫教授，教授手里还捧着战甲的设计图，时不时有口水从嘴角滴下。真亚摇了摇教授的肩膀，教授迷迷糊糊地说了一句“方案就快完成了！让我再睡会，唔～”真亚急忙又摇了摇教授“大事不妙了教授！”汇鑫教授这才缓缓睁开眼。
“你是说，两位奥特曼再次出现了，并且在后山与怪兽战斗？”教授听着真亚一一道来。“嗯，那个那个呃，盖亚奥特曼把这个交给了我，说是他仅剩的力量。”教授双手捧着水晶，眼睛比水晶还要亮。“这倒给了我一个突破瓶颈的方案…”
结界内，军队准备撤军，却发现无法离开结界，而他们却又是从结界进入逐日高中的。这貌似是一个只进不出的结界。
第二天，奥特曼大战怪兽的传闻传开了，有在后山偷偷办事的学生“强哥”目击到了盖亚倒下的身影，而别人问在哪看到的，当时在干什么，强哥却闭口不提。“反正…反正我就是看到了！我还拍了照片！”他拿着仅有一张照片的相机给大家展示。
有的学生看到结界，不断拍打着，却无法出去，哭着抹眼泪。有的学生还在害怕周围有怪兽藏匿，人心惶惶。
这时校方派校长出面，在针对本次事件的全校性会议中，说明“大家不要害怕，昨晚的事情已经有专门的科学家调查了，并且我们学校的科研部研制的新型战甲也准备面世。争取到了政府同意，到时候我们会让校内留下的军人保护大家。请不要担心。”
有学生在台下低语“奥特曼都无法解决的怪兽，战甲真的有用吗？”
仿佛察觉到有人怀疑战甲的实力，校长回应“战甲是采用模仿奥特曼的外形和攻击方式设计的，并且有了股东们的大力支持，我们得到了针对性的武器，这是股东先生们为了保证大家安全采取的措施。机动奥特曼一定会保护大家的。”
学生们半信半疑，会议结束，大家都离开了会议。真亚还在想昨晚的事，“奥特曼，怪兽，以前听说的时候，就好像见见，没想到竟然能亲眼见到，说出去都可以吹八辈子了。话说怪兽为什么刚好就在逐日高中呢？还有什么结界的，太诡异了。”真亚摇了摇头，“不想那么多了，吃饭最重要！”他奔向饭堂，大块朵颐。
暗处，危险正在慢慢靠近…