帝国毁灭后，数以万计的她创造的孩子被押送星际法庭，面临的将是惨不忍睹的报复。莉莉深感愧疚，她是一名合格的纳克特族人，不是一名合格的母亲。
由于在前寒武纪这段时间里生物长期处于很低级的阶段，主要是由低等的藻类生物组成，且这段时间经历了复杂的变质作用且研究难度大，是缺少生命大规模活动的。
从帝国建立到毁灭，一直如此。好在地球本土生命没有遭到清算，西部叠层石起源于更早的冥古宙，多以月球的东海撞击事件为结束时间。地球从最初炽热的岩浆海冷却固化成球就用了约1亿年的时间，分异出了地核，后来又随着原始地幔的熔融分离，分异出了大量的地壳，历经4~5亿年，慢慢趋于平静，并且开始出现了早期的海洋、大气，但在41亿年前后，地球仍持续受到大量小行星、彗星的击打，月球也是在一次猛烈的撞击下从地球上分离出去。经过数亿年的打击，在恶劣环境中地球平静了下来，形成了稳定的地月系统。
月球分离出地球事件被称为“大撞击事件”，月球本来是土壤，后来在没有气体没有声音的宇宙里慢慢瓦解，受太阳热量，土壤变成风沙，而月球核心则是高热量物质，再加上频繁的陨石撞击，彻底变成了风沙。
最初在月球是有生命的，从生命海洋中诞生的细胞，经过陨石撞击产生的高温下存活下来，并慢慢适应了月球的环境，产生变异，也因此惧怕陨石，躲到月球核心生活，而在地球上的生命则没有变异，这证明生物的变异和进化取决于外部环境。
那颗撞击地球的巨大陨石内部含有丰富的矿物质，莉莉的帝国就建立在这颗大陨石上，陨石改变了磁场，越是靠近越是磁场强度越大，因此，辐射也让一部分人变异了，而这些人的孩子都是畸形的，却拥有异乎寻常的力量，许多遗传病后遗症也伴随着。好在莉莉的科技和医学很先进，于是建立一个青铜巨门，内部建立在陨石中，王座就是陨石的内核，在陨石中可以任意操控元素，改变磁场，莉莉的力量达到了前所未有的高度，一旦离开陨石，则失去力量，因为来自宇宙的陨石和地球的磁场不同，在陨石里没有重力，不受地心引力影响。
经过漫长的岁月，40亿年前的物质并没有保存下来，淹没在了地球深部，只有天上的月亮还记录了40亿年之前的事情，地球最古老的岩石样品也只是片麻岩，最古老的年龄记录仅出现锆石中。
冥古宙是没有智慧生命的，或者说是没有记录，但毋庸置疑的是冥古宙的生存环境是有史以来最恶劣的。地球火山爆发和雷电交加的化学反应，甲烷、氨气等早期气体合成出了组成生命最必要的物质——氨基酸。在地球早期的天然条件下，可以合成出22种氨基酸、5种胺，并演化出生命。
于是莉莉通过这些原理，和之前的不同，这一次她利用细胞分离，从植物灰烬中提取炭，再加上钙，改变原子排列，骨骼框架，注入所需的营养，让一种微生物繁殖，最终细胞核形成细胞膜再发展成血肉，于是每一滴血液里都有红细胞，数以万计的细胞组成的生物体，变异的细胞分成两种，白细胞和红细胞，因为生物体内工作场所不同，慢慢形成新的细胞，加上过滤系统，生物体肠道内部长出了许多毛来过滤食物毒素，毒素堆积在体内，最终影响生物健康，从植物中提取溶解毒素的物质就可以有效治疗，再加上从活的很久的植物中提取物质，这些物质需要用培养液保持活力，这样喝下去就可以长寿，并在此的基础上成功造出了第一批骑行生物和医学药。
莉莉很早就知道地球的古老，太古宙的地球活动相对而言有很多秘密，太古宙又分为始太古代、古太古代、中太古代以及新太古代，平静下来的地球的热流值很高，这些热量来自于行星吸积形成地核释放出的引力势能与当时丰度更高的放射性元素衰变热，出现了很多超高温地质作用，像超高温变质岩、科马提岩等，这些在显生宙之后就没再出现。太古宙早期大陆地壳开始逐渐组建起来，形成了稳定的克拉通（指大陆地壳上的古老而稳定的部分），为生命的出现提前备好了温室。
地球最早的生命早在38亿年前始太古代，为早期无细胞核的原核生物。那时生命就已经开始改造环境了，另外，锥形结构的白云岩，可能也是原核生物的杰作。古老生物类似于一些菌类丝状体残片化石。这些古原核生物都是单细胞生物，没有细胞核，结构极其简单，但到现在依旧存在。
缓慢的生命进程总是显得无聊，经过十几亿年的发展原核生物始终是原核生物，一直到太古宙末期，这些原核生物也只能在地表的沉积岩中掀起一小点儿“波澜”。但是到了元古宙这些原核生物却起到了至关重要的作用。
太古宙蓝藻在漫长的岁月里，进化出了大脑，并拥有了智慧，而四肢依旧是绒毛是触手，它们潜伏在海底，依靠智慧建造了一座巨大海底城市，它们独特的身体结构可以爬到陆地上，并利用打制石器和磨制石器作武器，慢慢的发现了某种特殊的原理，偶然发现触手具有韧性，而石头很坚硬，韧性的触手绑在坚硬的石头上，产生拉力让锋利的鱼骨射出，于是纷纷大规模打造，并用不同的触手和鱼骨改造，最终发现了熔岩溶解后的金属很硬，比石头还硬，突发奇想，用不同的金属通过原先的模具进行融化，然后打磨，最终，铁制武器取代了石器，慢慢的不同的金属，因为发现高温可以融化金属，于是发现火也可以产生高温，最终第一代铁匠诞生了，而海藻的分支，拥有更光滑身体的许多触手的巨大的海藻。
莉莉发现并尝试和这个物种进行沟通，并为它们带来了知识，于是在莉莉的帮助下，这个种族和莉莉定下某种庄严的誓约，海洋地下还存在巨大的鱼类，和更多触手的海藻，以及巨蛇。
元古宙是前寒武纪最后一个宙，也是开创性的时代，地球所有克拉通的稳定沉积盖层都是在这个期间形成，大部分的金属矿产资源也在这段期间产生，并且最后的埃迪卡拉纪也为生态产生了翻天覆地的变化。
莉莉的宫殿建立在巨大山脉上，那时候空气中弥漫的都是二氧化碳和甲烷一类的气体，而最早的原核生物蓝藻进化过程缓慢，但是它们却又一个重要的作用，那就是光合作用，能够把空气中的二氧化碳转变为氧气。大批量的蓝藻夜以继日地辛苦劳作，经过漫长的十亿年竟然把地球改造成了蓝色的甚至有臭氧层保护的星球。由于氧气的大量增加，使很多原本游离在海洋中的铁离子发生了氧化并沉淀到海底，形成了丰富的铁矿石沉积，形成了被称为条带状铁建造的全球性沉积铁矿。这一纪年被称为成铁纪，正是在这是，地球拥有了巨大的铁矿。
生命的再一次爆发是真核生物的产生。充足的氧气为生命活动带来了新的机会。在一次机缘巧合下，一只原核细胞吞入了另一只原核细胞，这只体内的原核细胞竟可以相对独立的分裂、遗传，逐渐演变为细胞核，细胞于此开始学会了有丝分裂。细胞不再是单独的，而是可以形成许许多多同根同源的细胞，组成多细胞生物。另外，在这种吞噬作用下，细胞产生了其他的细胞器，如线粒体、叶绿体等，这些零件为生命的演化解锁了更多功能。
生命的演化依旧很缓慢，7亿年，地球发生了巨变，整个地球像着了凉一样，气温骤降，整个地球从两极到赤道结上了厚达几百米的冰盖。超大陆的裂解使得海岸线增大，岩石风化速率加快，风化消耗温室气体，且降雨量加大使得温室效应减弱，气温的快速减低使得地球进入了成冰纪元。
被冰层围困了1亿年的地球在大量火山活动下重获生机。同时诞生了生物群。
在这之后，地球环境变得空前的好，氧气含量充足，真核生物开启了第一轮大幅度进化。
就在这一时期，让莉莉退居大山脉的原因，来自宇宙的名为伊斯的种族根据莉莉所著的《纳克特抄本》和那位更加伟大的所著的《埃尔特顿陶片》上的记载，距今四亿八千万年前，伊斯一族跨越了银河宇宙来到了地球。他们将整个种族的意识与地球上的原生种族进行意识交换，得到了在地球上行动的肉体。
莉莉第一眼看到它们的时候，吓了一跳，那是从未出现过的生物，“那是一个巨大的各种颜色混合的圆锥体，高和底部的直径都是十英尺，全身都覆着某种凹凸不平的半弹性鳞片。在圆锥体顶端，有四只可以伸缩的圆柱形器官，看起来是以与圆锥体相同的物质构成的；这些器官有时能收缩到几乎消失的程度，有时则可以伸展到十英尺长。在其中两只的末端，有着巨大的钩爪，就像螃蟹的螯，另一只的末端则有四个喇叭状的红色器官。还有一只，在末端有一个直径约两英尺的不规则球体，球体近乎黄色，正中央有三个巨大的黑色眼睛，排成圆形。……在头顶，还有四根灰白色的细茎，每根茎的顶端都有花一样的器官，头的下部垂着八条细小的、近乎绿色的触须。而在中央那巨大圆锥体的底盘上，则覆着灰白色的胶状物质，它一伸一缩，就可以如软体动物般爬行。”
莉莉很害怕，这简直不符合生物逻辑，他们利用身体底部黏着层构造的缩张运动前进，感觉器官则是生长在圆锥顶部四根长肢的末端。其中两根长肢末端生有巨爪，个体之间便是利用这爪子相互碰撞摩擦，籍此进行对话沟通，也可以操作它们制作的机械；第三根肉肢末端附有一个漏斗状的附属器官，第四根则连接到一个共有三只眼睛，直径约两英尺的球体。
“伊斯种族”通过孢子繁殖，生命周期极长(四千至五千年)，所以基本不会进行繁殖行为。它们以一种特殊的液体为食。
对此，更早之前的来自宇宙的水蛭，莉莉在最初的海藻生物的基因中提取一种特殊的物质，相当于红细胞，从过去的保存的人鱼样本和鱼类样本中提取基因，大幅度提高了水蛭的战斗力，而莉莉也加入了鸟类的基因，因此，水蛭可以飞行。由水蛭组建成的军队，和先前与克苏鲁一同降临地球，它们在地球上建立起宏伟的高塔与城市，并与当时统治地球的莉莉的军队古老者展开了一场大战，后来双方结缔条约，新生的陆地归星之眷族所有，而古老者拥有原有的陆地与海洋。之后它们的文明蓬勃发展，在太平洋的大陆上建立起很多城市，后来因为一些原因（有可能是自然灾害），太平洋上的大陆突然下沉，星之眷族建立的城市被大海吞没了，连同拉莱耶城一起永远沉入了海底。
但并非所有居民都随着拉莱耶的沉没一起被困在海底，有些仍然生存在深邃的海沟中。群星之间也栖息着和它们有关的物种。
有五位强大的星之眷族被投靠莉莉，它们沉睡于世界各地的隐秘之处，等待拉莱耶崛起的征兆。当时机来到，它们将苏醒过来并举行一场仪式，将伟大的克苏鲁从万古长眠的睡梦之中唤醒。在此之前，它们要帮助莉莉征服世界。
很遗憾的是，水蛭具有大脑，很快就背叛了莉莉，并且开始反抗，和莉莉作对，而莉莉根本就不想碰它们黏滑的恶臭触手。
不过，莉莉很欣慰伊斯人的社会形态是社会主义式的，它们将理性置于一切价值观之上，在精神转移时也以此为基准。资源会在种族的个体之间，依理性逻辑和比例分配。和莉莉一样“伊斯种族”不崇拜任何神祗。
莉莉曾和它们做过交易，帮助建造“奈克特城”，因为伊斯之前听说过纳克特种族，并且根据《纳克特手抄本》找到地球，所以，伊斯本就认可加入纳克特种族，因此，记录着整个伊斯人编年史的纳克特抄本也是莉莉种族的编年史。倒不如说，莉莉就是伊斯种族。
奈克特城建成后，又别名图书馆城，在城市地底，有着伊斯人庞大的中央资料室。这里保存着从各个时空收集得来的知识所编集成的书籍。
时间旅行，伊斯人在时空旅行间隙整理知识，“伟大种族”的这独一无二的名号，代表着它们已经彻底征服时间；没有任何种族能够与它们相比。“伟大种族”的个体能够超越时空，把自己的精神送到遥远的过去或未来，在那里挑选一个合适的生物，与它交换精神。在它们占据那个生物的肉体的时候，被交换的精神会被交换到它们原本的肉体中，直到“伟大种族”觉得应该回去、再度将精神交换的时候。“伟大种族”也会使用这种技术进行大规模时空移民，用以征服其它行星。
这个技术是莉莉教给它们的，作为交换，“伟大种族”也会教给莉莉关于技术和魔法的知识。若是莉莉需要的话，可以通过停滞块或超越悠久岁月的召唤魔法见到它们。
莉莉第一个感受到家的感觉，这是从未有过的，亲情。
它们倾向于被动地应对情况；当确实需要一项新技术时，会迅速而熟练地设计出这种技术，但在通常情况下，它们却对研究科技、发明创造提不起一点兴趣。
它们也发明了一些能影响四次元空间的装置。到达地球后不久，它们就制造了电击枪，用于和肉食性的水螅作战。它看起来像是一种照相机，能发射巨大的电流漩涡；另一发明，停滞块会以各种各样的形状和大小出现，但它们的目的都是相同的：减缓时间的流逝。在纳克特城，最小的停滞块常被用于保存书籍，较大的停滞块则被用于将伟大种族送向未来。几乎所有停滞块的样式都很简单；大多数停滞块都可以通过按一个按钮或将它打开而停止工作。但有些停滞块也提供了复杂的面板，允许使用者设置停滞的时间。记忆清洗器是一个细长的长方形小铜盒，上面布满了细小的缺口；从小盒的一边，伸出五条可伸缩的金属管，每条末端都有一根一英寸长的针。时间通讯机用青铜制作，外表施有复杂的雕刻，装配起来之后，就有大约一英尺高，在顶部还嵌有一颗红色的宝石。
伊斯似乎组建了一个松散的国家或者联邦，虽然被明确地划分成四个不同的行政区域，但却共用主要的政府机构。主要的资源被合理的分配给每个个体。所有有能力通过某类教育与心理测试的个体通过投票推选出一部分个体组建小型的管理委员会行使国家权力。在某些方面，伊斯也有着与莉莉相似的观点与制度。这一点在那些高度抽象的方面，以及所有生物普遍存在的基本要求方面表现得格外明显。每个公民都要参与制造业进行劳动，但由于产业已经高度机械化，因此公民只需要在这方面花费很少的时间；它们常常利用大量的空闲时间从事各式各样的智力与艺术活动。其科学水平已经达到了一个难以置信的高度。
它们的社会里极少出现犯罪，即使出现了犯罪也能交由极度高效的警务系统进行处理。惩罚措施范围很广，从剥夺特权、监禁到死刑或者严重的精神折磨。但在实施惩罚前，它们详尽地研究犯罪者的动机。
它们也会进行战争，在最近几千年里大多是内战，它们称莉莉的军队为古老者，而莉莉手下的各种各样的种族都是来自宇宙，并非地球。另一方面，它们总保留有一支强大的军队，所有士兵都装备着一种能够产生强大电能的武器。它们随时待命出击，但却很少有个体会提及那支军队的目的。
水螅们自在地来往于宇宙空间之中，除了地球之外，还移居到了太阳系的另外三个行星上，包括海王星和托德星。在地球上，它们建筑了巨大的玄武岩都市，都市中有着许多无窗的高塔；但当它们想要把势力范围拓展到海洋上时，却被古老者击败。从此它们就只满足于对陆地的控制。
当伊斯来到地球时，它们控制了一种身为水螅们的主要掠食目标的原生种族，并迅速打败了飞天水螅们，并用先进的科技力量将它们封印于澳洲地下的牢狱中。
虽然被伊斯所击败，但是水螅的思维结构过于奇特，以至于伊斯居然没有办法通过交换精神的办法彻底征服它们。这群操纵风动的水螅一族在地下积蓄着力量，并于五千万年前冲破伊斯一族的封印，重新对他们发动了攻击，并最终灭绝了伊斯一族。
被栖息在地下的水螅打败的伊斯种族，来到地球之前它们就已经知道了未来，早已将自己的精神送往遥远未来的地球。占据的是一种拥有智慧的、鞘翅目生物的身体。
而在更为遥远的未来，当地球快要毁灭的时候，它们又再度转移至水星的一种球茎植物上。
它们离开以后，地球生态没有受到影响，继续漫长的进化，莉莉也重新成为地球的霸主，一直到泥盆纪，陆生四足生物出现，种子植物也出现了，地球迎来了新的时代。寒武纪已经成为历史。