长州藩通过中国领事的居中调停，他们成功派出代表跟幕府开始谈判。
但谈判很不顺利，幕府现在形势占优，他们很想将战争进行下去，借助中国的力量，彻底消灭这些割据了多年的强藩势力。
幕府不但在领地问题上寸步不让，别说长州藩提出的，丹波、摄津等国了，他们连长州藩占有目前的十四国都不同意，只同意长州藩退回长门、周防两国，保持原本的势力，也不同意废除参觐交代制度。
见到这种情况，反倒让西南强藩团结了起来，他们团结，不是想为长州藩争取利益，他们是为了自保，如果长州藩退回了长门、周防，他们吞下的那些领地也得吐出来，而且还要担心幕府秋后算账。所以他们在结束参觐交代，得到直接觐见天皇权力的态度上，跟长州藩是一致的。
长州藩人才济济，外交人才也不缺，他们连横合纵，很快就跟趁火打劫的东北强藩达成了共同行动的盟约，东北强藩也派人来谈判，并且提出了一致的要求，结束参觐交代，大名可以自行觐见天皇。
幕府的压力顿时大了起来，而且中国领事不是一味支持他们，中国领事希望幕府能接受对方一些条件，然后让日本恢复和平。并且表示，虽然中国议会同意出兵十万，但十万軍队能否解决幕府的困境，并不能保证。一旦十万中国軍队都无法阻挡强藩联军的话，中国不可能提供新的支持。长州藩在压力之下，将自己的直属軍队已经扩大到了十万人，萨摩、熊本等西南强藩开始踊跃出兵，强藩联军的规模不断扩大，已经高达十五万人。东北强藩也开始直接出兵，在跟幕府接壤地区威慑，东北强藩人力缺乏，但兵员素质更好，他们的兵力也高达五万人，强藩的軍队总数高达二十万。幕府兵力虽多，可大多数不堪使用，如果不能进行彻底的改革，能战的就只有中国的十万援军。
领事告诉幕府，中国軍队毕竟是劳师远征，战斗力能保留多少尚未可知，一旦战败，则强藩不再畏惧中国，不管中国朝廷能否说服议会继续增兵，恐怕在新的援兵到来前，强藩就能完全攻占幕府领地。
领事还告诉幕府，他们缺的只是时间，只要时间足够，他们下决心重新打造軍队，中国提供一些支持，帮忙训练士兵，派遣军事顾问，甚至帮助幕府培养军官，很快幕府軍队就能压倒强藩，到时候幕府大可以反攻回去。
加上此时幕府境内局势十分不稳，大小诸侯心怀异志，农民、市民不断一揆，财政濒临崩溃，全靠借债度日，再不结束战争，幕府统治也得崩溃。
于是幕府不得不做出了妥协，他们接受了强藩的要求。但从长州藩手里要回了但马、播磨两国，将长州藩的领地压缩在十二国，除了旧有的长门、周防，同意石见、安云、出云、备后、备中、备前，伯耆、美作、因幡和隐岐十国并入长州藩，让长州藩一跃而成200万石高的超级大名。
其他强藩，比如萨摩、熊本、土佐等强藩的扩张也得到了承认。同时确认了以仙台为中心的伊达家族对陆奥国（陆前、中、后）的支配权，秋田藩对出羽国（羽前、后）的支配权，也确认了松前藩对虾夷国的统治权。
认可这些强藩可以自由觐见天皇的权力，允许他们自行经营本国物产、商业，西南强藩和东北强藩也可以不执行参觐交代，给出的理由是他们路途太远，但强藩们接受了向幕府象征性进贡的要求，继续保持幕府名义上的统治。
中国领事全程参与谈判，但始终不发表明确的态度，也不肯在最后的条约上签字。
条约签订之后，各方撤兵，裁减軍队，休养生息，一场内战结束，只留下了大量孤儿寡妇，兴起了一批新的军事贵族，日本依然四分五裂。
英国人再次找上们来，他们是催长州藩还钱的，但长州藩否认了他们向英国人借过钱。英国人手里有凭据，他们拿着长州藩藩臣村田清风代表长州藩跟英国签订的条约作证。结果村田清风当着英国使者的面否认，表示说钱都让他中饱私囊了，藩主毫不知情，然后对英国使者表示抱歉，为了给英国人一个交代，他当着英国人的面，切腹自杀了。吓的英国使者裤子都湿了。
长州藩耍了无赖，可英国人耍无赖耍了几百年，才刚刚绅士起来，无赖手段还没忘记，文的不行，他们可是会动武的。
然后英国派出了军舰，这次他们直接找幕府，说幕府既然是日本合法政府，就应该替地方政府偿还债务，幕府有中国做后盾，当即拒绝了这无理的要求，英国軍舰赶往长州藩的港口马关，威胁要炮击马关，攻占港口。
这时候得到消息的中国軍舰赶到，跟英国軍舰对峙了半日后，英国人退缩了。
在中国的支持下，长州藩成功的赖掉了这笔他们不可能承担得起的债务，中国之所以支持长州藩的赖账行为，目的是告诫英国，不要试图在中国周边扶持傀儡，那样连本钱都收不回来。
一场内战，虽然没有改变日本割据的面貌，反而加强了割据势力。但这场战争，不可能没有任何影响。
事实上，影响很快就出现了，战后，不管是战争中表现差劲的幕府，还是战争中一鸣惊人的长州藩，都开始了激烈的竞争。双方都知道，和平只是暂时的，战争随时会到来。
在这种氛围下，双方都开始更彻底的改革，都拼命要加强自己的力量，以期在将来能够压到对方，至少是能够自保。
幕府自不用说，强藩们已经拥有了合法的对外沟通的权力，尽管跟西方人加强交流文化上的风险很大，但跟中国交流就不存在任何风险了。
于是日本强藩们纷纷向中国开始派遣留学生，又名遣唐使，在中国的各种学校中学习，聘请中国顾问，开办各种工厂、矿山，引入各种新技术，拼命加强自己的经济力量。
一场现代化的竞赛，在日本开始，长州藩依然引领潮流，他们第一时间跟中国公司签订协议，修建一条从马关到福山的铁路，将长州藩濑户内海的海岸平原联系起来。肥前藩开始以幕府留下的基础，扩建长崎港，鼓励贸易。福冈藩继续鼓励兴建大型工厂，强制本藩的农民都种桑养蚕，扩大生丝生产。东北强藩采取的措施依然是吸引人口，开发物产，尤其是松前藩，守着一个偌大的虾夷国，紧缺人口进行开发。
同时各番国积极鼓励本藩武士受雇于中国公司，一来，他们发现这些武士从中国公司学到的军事技术和经验对提高他们的军事能力很有帮助，等于中国在免费帮他们培养军官，至于死人，无所谓了，反正有抚恤，而且不让这些武士去受雇于中国人，各藩就得养着他们，否则他们就会成为破产武士、浪人，制造社会矛盾。于是他们将为中国打仗，定性为攘夷的大功业，从官方进行正义性宣传。
事实上，正是从这次战争之后，日本开启了他们的现代化之路。
不过中国暂时对日本人的现代化进程无力干涉，因为议会制刚刚出现，就已经让习惯了高效的君主专制的中国官僚集团极不适应。他们开始希望议会能够给他们更多的自由空间，他们认为这种为每一笔预算进行投票的方式效率太低，希望每年通过一个总预算，在预算之外，留给朝廷一定的空间，让朝廷自行发挥，否则在这样一个大国里，很多事情可能只能陷入扯皮之中。
议会中的商会势力，帮会势力和工会势力才刚刚尝到掌握权力的滋味，他们发现让朝廷高官求着他们的感觉真好，一丝权力都不想从手里溜走。但这次他们失败了，因为占议会七成人数的士绅代表，认为朝廷的意见是对的，他们觉得得给官府自由空间，于是通过了由丞相提出的提案。
显然在学习如何在议会中斗争方面，新的政治势力的反应速度，赶不上组织有序的官僚集团。官僚集团已经学会了如何拉拢议会势力为他们说话了，而他们跟士绅阶层的传统纽带还没有中断，显然他们渐渐将士绅阶层拉拢成了他们在议会中的代表。
而新势力之间，内斗甚至多于合作，工会跟商会势成水火，帮会势力只顾自己。
反应的是民间的争斗，已经进入了白热化阶段。工会在议会中试图通过改善工人工作条件，减少工作时间，商会则希望降低企业税率，降低进出口关税，商会不支持工会，工会不支持商会，双方互相拆台。
在民间，他们的斗争更激烈，经济危机改变了他们，经济危机渐渐过去，而改变却留了下来，而且很深刻，很特殊。
各种矛盾不但没有解决，反而更加的激烈，各种势力代表的权力，还没有达到平衡，此时正是中国力量最弱的时候。
此时偏偏又是一个国际风云激动，政治格局多变的时候。