如今的大周官府架构，保留了一个传统的壳子，但内里已经大变样了。
兵部从一开始就没有按照传统架构组建过，因为军权自始至终一直都在周琅的手里，所以他是按照自己的观念打造兵部的。
他对兵部的认识，是参照后世的国防部，他大量任用了一批军校毕业的学生充任其中，甚至还从军中调用了一些文化水平较高的军官。但兵部是一个文官部门，这一点毋庸置疑。兵部官员没有军籍，而是跟六部其他部门一样的文官品级。官服都是仿明代的衣冠禽兽，而不是军装。在形式上，兵部的官员，跟其他各部没有任何区别。
除了出身，兵部官员是最根正苗红的皇选官。
兵部管理着軍队的后勤供给，军官升迁任免等事务，通过兵部，皇帝牢牢控制着军权。
而另一个皇选官的大本营，则是皇帝的内务府，这个内务府其实也就挂了一个名而已，跟清朝为乾隆宫廷服务的内务府截然不同，虽然也垄断了工商税、关税的征收，但内务府的开支大多是用到了对公，而不是皇室事务上。这几年进行的战争，基本上都是通过内务府筹集的经费，发行的债券，也是用皇帝的名义来发行的。
皇帝是通过内务府掌控着重要的财政大权。
有财权和军权，其实就掌握了对朝政的绝对控制，这就是为什么，这么多年大周皇朝看似两套政府班子，却始终保持稳定的原因。
但皇权本身就是一个重大的权力，这几年在跟王辅茞代表的官僚集团的政治博弈中，重大变革始终无法推行，但水滴石穿的权力渗透却一直没有停止，周琅曾经尝试从传统官僚最核心的科举下手改革，结果遭到抵制，失败后他这些年一直都没有尝试过。
可却渗透进入了六部的其他部门。
礼部的外交权力被剥离，但重要的制定礼仪和主持科举的权力没有动。
吏部基本上维持传统，但在传统中，皇权就是吏部最上层的权力核心。
渗透最大的，其实还是户部，另一个财政部门，主持全国农业赋税征收和户口管理的机构。上次查账结束之后，周琅成功的向户部派遣了监督，这些人将从总账目上对全国州县的钱粮征收进行管控，这些年还真的发现了不少问题。这些财务监督，全都是皇选官，精通会计。由于他们的工作出色，风评他们很快就会取代原本的户部官员，彻底改变户部。
刑部是另一个无法动的部门，可是周琅另立了一套司法体系，大大分割了刑部的权力，刑部开始越来越变成一个专办刑事大案的部门，民事诉讼，老百姓更愿意去法院。
情况就是，虽然周琅打造了一套皇选官体系，但老的六部，也一直通过皇权在维系着。
以前文官系统重，有一个位高权重的王辅茞作为主心骨，老官僚们还能团结一致跟皇帝博弈，现在王辅茞一死，已经失去了对抗皇权的所有可能。最上层的官僚，其实许多也不是科举出身，有至少一半都是满清的降官，这些人有污点，是最不敢战斗的群体。
阻碍皇帝彻底改革旧制度的所有阻碍已经消失，因此官场普遍判断皇帝要大动了。
尽管皇帝选了一个既有科选官身份，又有皇选官味道的黄求忧做丞相，但大家还是觉得皇帝还是会动，于是十分关心这个问题，跟黄求忧的私下往来十分密切。
很快他们从黄求忧哪里得到了一个定心针。
黄求忧十分确认的告诉大家：科举不会变！
对大多数人来说，只要科举不变，他们的观念，他们的地位，他们家族的未来就是可以得到保证的，大多数是地方乡绅出身的官员，他们自信在科举中，他们的子孙后代，他们的孔孟之道是可以得到传承的。
只要科举不变，其他变动似乎就不伤根本了。
果然大动作很快就来，有科举不变的定海神针兜底，文官集团并没有阻挠的绝对心态。
另外这第一个大动作，还是已经被皇帝彻底驯服的户部，改变也不太大，几乎没改户部的权力，反倒是有所加强，名叫府库合并，将内务府直接并入了户部。
将皇选官的大本营内务府并入户部，这意味着将已经占了中国财政收入七成的商税的征收权利交给了户部，但户部官员并没有皆大欢喜，而是愁容惨淡，因为内务府并入户部，也意味着一大批皇选官进入了户部，可以想象，这些人不可能把权力交出来，跟户部重叠的那些权力，恐怕还要收走。
但之前的户部已经被贪腐问题弄得焦头烂额，没人敢为户部说话，又有不变科举的定心丸，缺少主心骨的文官集团根本就凝聚不起来，新任丞相黄求忧怎么看都不可能成为这个官僚集团的主心骨，他在皇选官和科选官派系中间游走，同时在两个派系中都没有存在感，他更像是一个皇帝的传声筒，执行皇帝命令的打手。
府库合并之后，则是刑部改革。
说是改革刑部，不如说是废除刑部的司法裁决之权，规定刑部依然拥有缉捕盗贼之权，依然掌握着全国的巡捕衙役等武装，但是以后抓到的盗贼，破获的大案，不能在由刑部直接审判了，而是让刑部上法院告状，这其实就是建立公诉制度。
其实真正改革的不是刑部，而是司法系统。包括那一套已经覆盖到所有县城的法院体系，还有新的大周律例。
这套大周律例，是斯佩兰斯基和一批法国法律专家，加上中国的讼师等组成的庞大团队，用了三年时间，收集整理中国习惯法编制而成的。收集了从秦代开始的中国所有律法，进行了大量的讨论对比。周琅抽出时间参与了大部分的讨论，在制定法律的问题上，他跟拿破仑一样重视，所以这套法律中，不可避免的就会带上周琅的一些思想。
比如对比秦朝法律，周琅发现，秦朝对于见死不救等模式他人性命的行为，是有处罚规定的。甚至包括见到小偷偷东西，如果不去制止，那也是要受刑的。在法律原理上，这等于是将执法权下放到社会上的每个人了，任何人见到犯罪都有执法的权力和义务。周琅加入的内容，显然没有秦法那么严酷，他规定在他人生命受到威胁的情况下，任何旁观者负有不可推卸的帮助义务，这是鼓励互相帮助，远比费劲宣传要有效，如果因为漠视而导致意外伤害的，旁观者都要承担责任。这就不是把执法权下放，而是赋予每一个社会群体更多的法律义务。之所以引入了秦法的这些内容，就是周琅明白后世中国人对陌生人的冷漠。至于引起这种冷漠的讹诈等现象，则通过反坐来处罚，讹诈是很严重的罪行，讹诈失败可是要反坐的。
由于法国法学家参与其中，又带有一些西方编制法律的方式，更加严禁和细致。同时也带上了一些西方思维。比如周琅支持废除了杀人偿命欠债还钱，而且还是父债子还等简单粗暴的习惯法，对杀人罪行的裁定，十分细致，包括各种意外杀人，并不需要负有绝对责任。老子欠下的债务，子子孙孙一代代人负担下去，也实在是不适合现代商业社会。
总的来说，刑罚内容上，跟传统法律是大相径庭的，其实各国法律，包括奴隶制时代的法典，在内容上都有大量类同，因为人类对于罪恶的认知基本上是相似的，任何法律，都不可能纵容杀人放火等行为，因为法律终归是用来维护社会秩序的，区别只在个别细节方面，而这些细节正是因为各国的风序良俗不同所致。
比如中国人之所以出现父债子还的文化，主要就是因为中国社会是一个熟人社会，父债子还相比人死债消显然更具有债权约束力，让债主更敢于借债，这种文化的形成，可以让穷人在遭遇灾荒的时候，更容易从地主手里借到救命的粮食，因为他还不起他还有儿子，还有孙子。从负面来看，这种文化当然更有利于债主，而不利于债务人。出于保护弱势群体的观念，周琅坚持人死债消的理念。
还有一些中国跟国外不同的情况，曾经发生过有西方人因为挖掘古墓，而被当地村民打死，而官府裁定无罪的情况。这起盗墓事件，周琅后来了解到，其实并不是为了盗掘财富，而是几个法国学者在进行研究。由于一直没有得到当地官府的许可，他们就私下雇人挖开了一座宋代古墓，这在西方是没有多大罪行的，西方人进入教堂墓地，挖掘研究，很少会遇到不许可和阻拦的情况，更不可能发展到被愤怒的村民打死的情况。
但是中国的古墓并不一定是公墓，也许法国人偷偷挖开一座宋朝皇帝的墓葬，反而没人打死他们，但挖掘百姓的墓地，问题却很大。传统观念中，挖坟掘墓是很严重的，挖人祖坟如杀人一样。那座古墓虽然是宋代墓穴，但后人未绝，而且在当地发展壮大，是名门望族，宗族长老认为是他们的祖坟风水好，结果祖坟给洋人刨了，如何不愤怒？
西方人挖坟之所以不是严重罪行，也跟西方并不讲究厚葬的文化有关，挖开古代坟墓如果只能得到几件腐朽的衣服，当然没人无故去刨坟了。特殊的丧葬文化，自然有特俗的习惯法加以维护。
除了这些法律条文上的不同，司法审判程序也进行了改变。