明廷开始调集军队消灭叛军，第一支援军是约五千人的京东军队，以通州镇总兵杨御蕃、天津镇总兵王洪率领。第二支是山东卫所军包括文登营、即墨营火速出兵。除此之外，命令东江镇总兵官黄龙从海上进攻登州叛军。后两支部队没能打败敌人，京东军队抵达莱州东北80里新城镇后遭遇叛军主力。杨御蕃率通州兵、王洪率天津兵一起与叛军接战。叛军有骑兵5000、步卒10000多人；官军骑兵不足1000、步卒不足4000，兵力对此为1：3。天津兵先被击败逃跑。叛军缴获了重炮后再攻打杨御蕃军．后者仅剩主将杨御蕃率卫兵三百人突围进了莱州城，三路援军均以失败告终。
为解决莱州叛军，明朝命令兵部侍郎刘宇烈为山东总督，命令总兵邓玘等率领军队，但在沙河刘宇烈逗留不进，结果4月12日叛军夜袭，全军溃散，6门红夷大炮也落入敌手，不久后徐从治也阵亡了，此时天津军将领孙应龙自告奋勇平叛，结果白白送了叛军2000士兵和一批巨舰。
徐从治死后，1632年5月朱大典被任命为山东巡抚，进入六月，战线就在莱州、昌邑、平度、莱阳一线稳定下来，高密、胶州、即墨、乳山等地保住了。七月初六，本想招降叛军的莱州首脑却被一网打尽。朱万年假意劝降莱州，却让代理山东总兵官杨御蕃开炮，结果牺牲，最后明廷停止招抚，决议镇压叛军。孙元化和张焘也因酿成巨祸被处死。此时关宁军也到了，关宁军在明末和孙传庭的秦兵、卢象升的天雄军被称为三大精锐，即在辽西走廊防守多年阻挡后金军南下的精锐。
八月十二日．各军都纷纷赶到昌邑。十三日，山东巡抚朱大典率军誓师，兵力2.1万人，敌军10万人。计划如下：第一路中军为总兵官金国奇率领关宁军为前锋和川营总兵邓杞的四川兵为后营，合计1.2万人担任正面进攻，进攻方向为灰埠（今平度灰埠镇）、沙河（今莱州沙河镇）一线。第二路南路为昌平总兵官陈洪范、义勇总兵官刘泽清、密云副总兵官方登元的士兵6000，打下平度后与主力解
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放莱州府。第三路北路以参将王之富、王武纬率军3000人沿着海岸线、向海庙、土山方向进军夹击敌人。朱大典的作战态度和部署就十分坚决，申明军纪，监军高起潜也表态支持。为应对进攻，孔有德写了三封信，但三封信均未奏效。
8月18日上午卯时，明军出东门分路前进，中路军1.2万人沿着大路向莱州府方向前进，8月19日，祖宽率领的关宁军500名骑兵在沙河附近与叛军4000人遭遇。祖宽一箭射死旗手后率500精骑冲锋，他们身披重甲，装备火器刀矛，远处放铳近处格杀，叛军以鸟统和弓箭密集阵列射击关宁军，但没有发挥作用，关宁兵势如破竹，明军发射用开花弹压制叛军炮火，叛军只能撤兵。平度方向，明军到达平度东北30里的新河，与陈有时部大战，城上叛军发炮支援，明军奋勇搏杀，阵斩陈有时，叛军遂军心涣散败退。两次战役胜利尤其是陈有时的死，打击了叛军气焰。8月21日，莱州解围。8月23日，明军一部收复招远县城，与叛军对峙于黄县以南，明军在招远休整后，向招远以北80里的黄县继续进攻。招远到黄县间山岭﹑密林、湖泊、河流密布，给行军带来极大困难。
28日，明军分两路自招远北进，左路是主力近两万人（含中坚力量“关宁军”、数百西南彝族兵，以及邓杞数千川军步兵），由金国奇指挥、高起潜监军，朱大典率山东行营跟进，他们沿着招远北上的官道走长山——奶儿奋——庙前这条路，先向西北行军，到达北马后转东北直取黄右路军是奇兵，由总兵官陈洪范、刘泽清率领七八千人从招远直接北上穿越招远北部山区，走玲珑镇——下丁家这条路。孔有德则纠集约10万步兵、10000名骑兵由登州、黄县南下试图邀击官军。
叛军首先伏击了明军前锋，关宁军奋勇作战，四川兵也加入战斗，此战成为为昌邑誓师以来最大规模的战斗。双方十几万兵士民夫、上百门各式大炮及数百匹骡马在拼死搏杀，叛军民夫趁机逃跑导致士兵动摇。右路援军刘泽清、陈洪范所部又抄了叛军后路，叛军只
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能逃跑，一部逃向登州方向，一部退向莱州湾。明军“斩首13000人”，被俘800人，叛军失踪数万人。其余奔向登州，明军追到登州西门外，耿仲明发炮乃止，还收复黄县。
九月初一明军开始攻打登州，持续了半年，原因是孔有德获得了之前登州守卫的300门大炮，火炮威力强大，城内防守森严，他又制定了很多规矩，还汲取了朱万年守城的经验，使明军无法有效实施夜袭。明军于是决定筑墙围困，东西连绵30里直达海边，且高与登州府城比肩。
按照《平叛记》和《崇祯长编》记载，围城明军分为四个兵团，责任到人，每一方向都有炮兵掩护。山东巡按谢三宾颁布悬赏，首先攻入城内的每人赏100两银，还抓到了俘虏，获知了城内军心浮动的消息并加紧进攻，此时6门新式大炮也到了。
叛军此时好数万，决心拼死一搏，打算要么效仿李自成等流寇，要么投降后金。围城三个月后，12月3日叛军从西门突围失败，李九成殒命，孔有德心理崩溃，叛军此后杀人为食。明军则调水师5000人前来夹击，从海上完成了封锁。2月13日，叛军准备逃跑，耿仲明、毛承禄决定放弃大城，全力守卫水城，逃跑之前对登州进行了残酷的奸*掳掠，16日叛军精锐上船逃跑，17日明军破登州，18日破水城。
逃跑叛军还和明朝海上力量进行了交战，冲向旅顺，又被当地明军击败，走投无路的孔有德，耿仲明最终决心投降后金，两个多月的时间作战9次，损失了三分之二的兵力后在后金控制区上岸，最后投降后金。崇祯六年四月十一日，精壮官兵仅剩3000多人的孔有德，耿仲明致书皇太极，请求投降，还不忘夸耀“本帅现有甲兵数万，轻舟百余，大炮火器俱全”，皇太极大喜，十五日，以最高礼仪，亲率诸王贝勒出盛京城十里迎接，孔有德，耿仲明虽只剩残兵败将，但其带来的红衣大炮和炮手让后金如获至宝，因此对两人礼遇有加，崇祯九年，皇太极称帝，改国号为大清，封孔有德为恭顺王，耿仲明为怀顺王。
（本章完）
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