毁灭与新生总是相伴相生。地球在这场战役中饱经摧残，但是一个新的文明也就此诞生。天龙人在地球上制造的许多混血奴隶中有一支身高在1.7米至2.5米之间外形似蜥蜴的爬虫生物，在这场浩劫过后奇迹般地延续了下来。放射导致的基因突变恰巧打破了天龙人施加在它们基因上的锁链，使它们获得了更高的智能。经过了600万年左右的自然演化与纷战，它们最终形成了一个统一的种族：蜥蜴族。
蜥蜴族与天龙族在个体能力上十分相似，也会读取意识、篡改记忆、隔空移物、易容和变身术，但每一项能力都明显弱于天龙人。社会体制也有所不同，虽然也是王权制度，但是远未达到天龙人的极权制社会，而且还有商人、文人这两个天龙人禁绝的阶层。这也许是因为蜥蜴族的个体能力弱于天龙人，所以不必通过极权来压制内部的不稳定因素。蜥蜴人需要相互依存才能好好生活，所以比起天龙人更容易团结为一个整体。距今4900万年至700万年左右，蜥蜴人文明在地球表面毫无阻碍地发展着，直到伊洛恩人的归来。
距离白垩纪太阳系战役已经过去了5800万年，天琴族在银河系的各个角落与天龙族仍在鏖战。战争也促使天琴文明进一步突破自身的科技水平，其中伊洛恩子文明的科技等级已初步达到了“4+2”（其中的“2”是指同一因果律的所有宇宙时间线）。这是由于科技突破让伊洛恩人发明了预知机器，这种机器以消耗大量能源为代价可以测量出某条宇宙时间线在未来某处时空中会发生的未来图像。单次测量的功率越大则未来图像越清晰，但测量的次数越多对未来的改变程度也越多，甚至会改变“过去”，让“之前”测量出的图像发生改变。这种接近物理学中“拉普拉斯妖”的科技能力使伊洛恩人获得了巨大的战略优势，能够预判天龙人的所有行动。拥有这种精准预知能力的伊洛恩人即便是现在看来也如同神明一般。古代西方人的巫师用于占卜的水晶球其原型可能来自于伊洛恩人预知机器的核心组件。
此时的蜥蜴人文明刚刚能通过量子测量确定四维空间的存在，其科技等级充其量只有“3.1+1”的水平，还不能像4级文明一样制造三维空间之间的虫洞（3.5级）、乃至自由进出4维空间。面对如同“神”一般的伊洛恩人，没有“队友”的蜥蜴人只能敬而远之，避免发生任何冲突。
伊洛恩人来到地球上做着与天龙人一模一样的事情，运用基因工程制造混血奴隶，让这些混血奴隶操纵机械开采太阳系资源尤其是黄金，补给自身庞大的星舰文明。和天龙人一样，伊洛恩人不敢赋予机器较高的智能，法律上也严格禁止“强人工智能”的出现，或许是这两个强盛的文明都经历过人工智能的背叛，所以两者都选择以基因工程加强自身的智力而不是加强机器的智能。
古埃及的狮身人面像、壁画上狼首人身的阿努比斯神像等形象并非空穴来风，其来源于伊洛恩人制造的混血奴隶。伊洛恩人制造了许多种类的混血奴隶，但只有与古猿的杂交品种能够繁衍，其中有一支如今我们称之为“南方古猿”，是地球人类共同的祖先。狮身人面是总工程师，工程上的事情要服从它的指挥；阿努比斯是审判官，混血奴隶的生与死由它来裁决。
就这样两个文明井水不犯河水地相处了很久，直到南方古猿的后代直立人与智人的数量大增，其活动开始对非洲、欧洲、亚洲的蜥蜴人城镇产生严重的骚扰。不堪其扰的蜥蜴人暗地里制造了天花和鼠疫这两种传染病来削减智人和直立人的数量，可这一举动被伊洛恩人看得一清二楚。由于与天龙人的战事，大部分伊洛恩战舰早已飞往它处，在太阳系中仅留下了三艘小型战舰作留守。尽管只有三艘小型战舰，但伊洛恩人认为这次事件是一个绝好的理由可以重创成长中的蜥蜴人文明，而且从预知机器中分析可知此战会是一次蝴蝶效应，十分有利于天琴人对天龙人的复仇战争。
这三艘伊洛恩战舰突然机动到地球赤道上空正好构成一个等边三角形，随即同时朝所有蜥蜴族地表的、浅深的建筑群开火，一时间几千万个攻击目标都发生了核爆炸，被攻击的目标不存在幸存者。这场让蜥蜴族不堪回首的灭族浩劫发生在公元前10604年，仅有极少数处于深层地下工事的蜥蜴人幸免于难。这场灾难被地质学界称为“新仙女木事件”，地质学家在相应的地质层再次发现了大量铱元素，伊洛恩人已将稳定岛超重元素三相弹小型化、精准化用于此次战役。
自此之后直到今天，蜥蜴人再也不敢在地表建立新的城镇。蜥蜴人文明开始在洋底或平原下方10公里左右的深处发展地下城市群，而且十分谨慎地将城市群在陆地的出入口设在了亚洲中部的山脉（比如青藏高原、昆仑山脉等）或南极和北冰洋沿岸；将城市群在洋底的出入口设在了如今的百慕大三角区和日本的龙三角。蜥蜴人文明的科技也倒退至“3+1”级，量子测量四维空间的基础科技也失传了。
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