一场胜利可以极大的鼓舞江阴城军民的士气，却改变不了战场的态势。刘肇基的袭营虽然斩杀的八旗都统李率泰，并杀死近千八旗兵，俘虏了一万多绿营兵。可是城外的清军依然强大无比，满虏头子豫亲王多铎带队，聚集了贝勒博洛固山额真阿山、贝子吞齐、和托等满洲猛将，携带了东路军几乎四分之三的八旗兵，总数达到了三万人。另外还有马得功、张天福、田杰等数十员投降的总兵副将，绿营兵八万之多。
几乎所有江南的清军精锐都聚集江阴城下，其兵力总数比江阴城内军民的总数还要多。
而江阴城呢，除了两万余没有战斗力的乡兵以外，就是刘肇基所属的第三镇崇明军，加上沙千里部总兵力也仅有四千人。
其实刘肇基并不愿意呆在江阴，可是抵达靖江的茅十八的命令让他不得不听从。茅十八是任思齐任命的统帅，所有靖江方面的崇明军都得听从他的调遣。
阎尔梅抵达了江阴城内，亲自劝说阎应元同意撤出江阴百姓。可是为刘肇基打破清军所鼓舞，江阴城内的百姓竟然少有愿意逃离的。阎应元反而劝说阎尔梅，崇明军应该全力驻守江阴，若是能在江阴杀伤大量的清军兵力，则整个江南的局势截然不同。
阎应元的口才了得，又极具大局观，阎尔梅竟然无法反驳，也许在他心里也认同阎应元的分析吧。对阎尔梅这样的忠贞之士，让他眼睁睁的看着一座有一座的城池陷落，最后所有人逃到一个孤岛上实在是一种痛苦。可是身上肩负的使命又使得他不得不尽量的劝说，这样的劝说能取得的效果可想而知了。
为了免得阎尔梅为难，史可法亲笔题写了一首绝命诗，请他送到崇明，以表誓死坚守江阴之心：
“八十日带发效忠，
表太祖十三朝人物，
十万人同心死义，
留大明三百里江山！”
看过之后，阎尔梅热泪盈眶，使人拿着诗连夜突出江阴，乘船赶往崇明。自此，阎尔梅再不提劝说弃守江阴的话语。
多铎大军到达江阴之后，休整三日，立刻开始了攻城。采取了围三缺一的攻城之策，留着北门不打全力攻打东西南三门。
绿营兵自然是攻城的主力，七万绿营兵在八旗兵的威逼下，向着江阴发起了舍生忘死的攻击。
江阴城上下，箭矢如雨，砖石灰瓶像冰雹一样连绵不绝的从城头抛下。无数的绿营兵惨叫着倒在了护城河内外，然而依然有数以百计的云梯搭在了城头，数以千计的绿营兵口衔利刃，手拿盾牌，像蚂蚁一样攀着云梯而上。
城头落石如雨，无数的绿营兵惨叫着，像饺子也一样从云梯上掉落下来。
经过了李率泰的攻城之后，江阴城头的乡兵们对守城更加的熟稔，不需要刘肇基主力参与，仅凭乡兵就挡住了绿营兵数论的攻城。
偶有绿营兵攻上城头，马上就有以逸待劳的崇明军长枪手围了上来，无数把长枪把攻上城头的绿营兵勇士挑落城下。
连续三天，挡住了绿营兵的无数次进攻。可是江阴城的乡兵伤亡同样很大，足有四五千人死伤在清兵的弓箭之下。主要是八旗兵的弓箭威力实在太大了，上万名弓箭手就站在城下往城头攒射，每时每刻都有乡兵倒在箭雨之下。搞到最后，城头的乡兵不得不每人顶着盾牌在城上防守。
眼见得靠云梯攻城明显拿不下来，多铎改变了攻城之策，下令挖城。
以三层牛皮为顶，内设九梁八柱，在城下设立了十多个点开始挖城。每个牛皮帐可容纳清兵百余，上面的三层牛皮箭矢不能透，砖石落在上面也会弹出。
见此情形，阎应元命令架起大锅，锅里盛满桐油，用烈火开始加热。等桐油被烧的滚滚沸腾之时，从城头倾倒下去，滚油顷刻间便烧透了牛皮，落在里面的清兵身上，无数的火把从城头落下，绿营兵们惨叫着成了一个个的火人。
挖城之策不能行，多铎只能另寻他策，好在此时先后有大炮从南京杭州等地运来，多铎便下令火炮攻城。
上百门各式火炮夹在了城外的高地，对准了江阴展开了连续的炮击。炮弹如雨，落在城头，落在江阴城内，骨断筋折、房倒屋塌，每时每刻江阴都承受着极大的伤亡。
只能挨打的滋味并不好受，城上的士气不可避免的低落下来。城头虽然也有火器，火枪火铳不少，可是能及远的火炮却是没有几门。靖江岛崇明军的舰队里战船上虽然有数以百计的火炮，可是毕竟战船不能开抵江阴城下。
炮击一连进行了三天，数以千计的江阴军民死在了清兵的火炮之下，城上堆叠垛口被火炮也轰击的稀巴烂，先后数段城墙被轰出缺口。阎应元带着城内的工匠冒着弹雨拼命抢修，把残破的城墙重新垒上。
八月十六日夜里，大雨如注，咆哮了数日的炮声终于止歇了下来。
江阴北城的城门悄悄打开，刘肇基亲自带领三千崇明军杀向清兵的火炮阵地。
阵地上的清军炮兵早就躲在了帐篷里避雨，被摸上来的明军杀了个措手不及。可是面对着沉重的火炮，明军士兵也全无办法，想运入江阴城那是不可能。无奈之下，只能用木头把一个个炮口塞住，寄希望如此能阻挡几天。
经历了李率泰被杀之事，多铎对明军的夜袭早有准备，五千名全服武装的八旗兵围杀了过来。
刘肇基率领手下和八旗兵激战，不论是兵力还是战力差距实在太大，只能匆忙撤退。奈何八旗兵追的太紧，无法安然入城，没办法的刘肇基只能带兵向着江边撤退，在茅十八水军的接应下逃到了靖江，能逃脱性命的不足千人，第三镇的崇明军已经打残。
没了刘肇基崇明军主力的协守，江阴城的局势更加岌岌可危，时刻都有陷落的危险。